1988年1月13日早晨， 蒋经国起身后感到身体不适并有轻度恶心呕吐，虽经医生抢救病情仍不稳定。下午1点55分，他突然大量吐血，并引发休克和心脏呼吸衰竭，于3点50分去世，终年78岁。

蒋经国的去世，表明蒋家父子的“政治强人”统治时代的结束。他继承蒋介石遗志，并声称要“以三民主义统一中国”，但他毕竟与蒋介石不同，他不仅坚持国家的统一，还坚决反对“台独”。他曾说：“不愿做中华民国的罪人，也不愿做中华民族的罪人”。晚年，他大刀阔斧地进行“政治革新”，首先在台、澎地区解除戒严令，开放党禁、报禁、改善了国民党的形象，并在逝世前3个月，开放了台湾同胞赴大陆探亲的禁令，有助于缓和两岸关系。同时，在经济上台湾70年代的起飞，使它列入亚洲“四小龙”之位，这些都与他采取的一些开放政策有关。在他去世的第二天，中共中央向国民党发出唁电：“惊悉中国国民党主席蒋经国不幸逝世，深表哀悼，并向蒋经国先生的亲属表示慰问”。