南宋以后的明朝，书院的性质已经和最初产生时大为不同。公开的学术盛会不再，但是一些书院仍旧努力维持初衷，在倡导学术的同时，还添加了“市民学堂”的新功能，担当起教化平民的任务。例如，明朝时期，苏州常熟城内有虞山书院，定期向民众开放。不仅孝子、善人、山林隐士可以来听，平民百姓也能来听。

　　享受政府拨款后

　　书院逐渐失去了光芒

　　从书院诞生之初，饱含理想主义热情的读书人，就希望把书院经营成一方净土。然而，在与现实的碰撞中，他们最终不得不让步了。实际上，从书院最为兴盛的南宋时期起，许多原先民办的书院，就逐渐被官方“收编”。这种收编，首先是从书院的经费着手。

　　书院的生存和发展，离不开经费。而书院经费的来源，多依赖于学田。书院兴起之初，私人筹措办院经费，主要也是靠私人的田产或别人捐赠的田产来供给。然而，仅仅靠捐赠，是不能满足书院需要的。因此，当官府开始给书院划拨田产时，书院没有理由不接受。

　　除了经济上的控制，南宋中后期以来，书院的实际负责人山长，也渐渐由朝廷吏部差授。在邓洪波教授与学者朱汉民合编的《长江流域的书院》一书中，作者对唐代以来的民办书院做了一个统计：唐代，82.98%；宋代，70.41%；元代，61.25%；明代，29.84%；清代，24.20%。在民办书院急剧缩减的同时，越来越多的书院归到官府手中。

　　在清代，书院的常年经费已经由官府一次性拨给。享受政府拨款的书院，花起钱来也大手大脚。例如，为参加正式科举考试的生员提供一定数量的经费。考生如果科举得中，更有丰厚奖赏，数目可达五十两银子。不仅考中的生徒有奖，书院的老师也跟着有奖。

　　如此一来，虽然书院的办学经费不愁了，然而，书院不可避免地逐渐沦为科举的附庸。尽管还有一些理想主义的书院在苦苦支撑，然而，书院没落的历史已经无可挽回。

　　同治光绪年间，随着科举制度的废除，已经与科举合为一体的书院，也一并成为历史。

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