叶继元认为，学术期刊的市场化改革要分层次，“有一些期刊，纯粹学术的，偏重理论研究的，原始创新的，代表我们国家学术水平和实力的，已经有了一些知名度的，不能完全市场化，三五十种，财政由国家包下来，专门搞学术，经济上不用考虑；还有一些，应用型的学科，像管理学、会计学等期刊，不妨试着推进市场化。”

　　“要提高学术期刊质量，其根本当然是我国整体学术研究水平的提高。”叶继元分析，从管理角度看，有外部和内部两方面的原因，“外部主要是管理机制的问题，要马儿跑又要马儿不吃草是不行的。内部主要是编辑部、编辑自身的问题，为什么在现有条件下有的期刊办得好，有的则不行？可见有主观因素。中国不缺人才，关键是处理好管理制度的问题，当具备了外部条件后，内部因素就非常关键了。”

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