教宗在12日到葡萄牙法蒂玛访问的首要活动是到圣母显现小堂向圣母祈祷。这是个非常重要的时刻。教宗虔诚的跪在圣母像前，这里就是圣母显现给3位小牧童的地方。

教宗在他的祈祷文中说：“我如同探望母亲的儿子，由众多的弟兄姊妹陪伴着到你面前，向你的无玷圣心献上孩子们的喜悦及希望……问题及痛苦：我把所有人托付给你”。教宗提到，先教宗若望保禄二世来法蒂玛时感谢“那只无形的手”把他从1981年5月13日遇刺的死亡中解救出来，把一枚子弹奉献给圣母，这枚子弹曾严重伤害到他，他把它放在圣母雕像的花冠前。

教宗继续他的祈祷说：“知道你的加冕不仅用我们喜悦和希望的金银，也用我们忧虑和痛苦的‘子弹’，这为我们是一大安慰。”教宗感谢法蒂玛的牧童们在圣母的启发下为教宗的祈祷和作的刻苦，也感谢每天所有为伯多禄的继承人祈祷的人，好让教宗在信德中坚强，在希望中有魄力，在爱中热心。最后教宗向圣母献上一支金玫瑰，作为对全能天主藉着玛利亚在来到法蒂玛的许多朝圣者心中所行的事的惊叹与感激。