1968年在台湾发生了一起以图罹祸的著名案件，即大力水手案。1968年的1月2日，台湾的《中华日报》家庭版，刊出了柏杨翻译的美国《大力水手》连环画，故事内容为：“卜派父子合购了一个小岛，要在岛上建立国家各自竞选总统。”柏杨将英文的Fellow伙伴们译为“全国军民同胞们”类似“总统”蒋介石的语气，因此该漫画就遭到台湾的调查局认定，这是挑拨政府与人民之间的感情，侮辱“元首”，打击“国家”领导中心。那么当局先后约谈柏杨及其妻子倪明华。1968年3月4日，柏杨最后一次被约谈后，于3月7日被捕，6月移送军法处起诉。以30年前曾经参加“民主同盟”为由，随后经情治单位组“华清专案”的调查，由军事检察官以叛乱罪委以死刑起诉，最后判处12年徒刑。


　　当时的旅美学人孙观汉、刘述先，甚至美国的舆论界都大力营救他，但是都无效。1969年倪明华提出了离婚的要求，柏杨在狱中绝食21天。柏杨被移送到绿岛，后来减刑到了8年，期满后又被无故地延长刑期，一直到1977年4月才出狱。总的刑期长达9年又26天。在狱中没有边际的慢慢长日，为了驱赶绝望，让自己的精神有所寄托，柏杨开

始创作《中国人史纲》。柏杨在编年体、记事体之外，又开创了一个新的史体，平民体。


　　他不以王朝的更替，帝王的年号为时间的标记，而是以每一个世纪为时间的标记，每一个世纪又以十年为一个年代分割，他同时在每章的后面，加上同时间西方的历史大事，便于与世界上其他国家的历史进程相对照。这样《中国人史纲》便以“俯瞰”的角度来看历史，看到了中国乃至于世界的变化，将历史勾勒出了一个清晰的背景。柏杨当时怕文稿被上缴烧毁，于是在狱中冒着危险，把这部书的内容抄了三份，秘密送出监狱一份，自己备着一份，让同室的狱友保管一份。幸运的是这书写完后没有多久，由于蒋介石去世，柏杨就获得了减刑，于1976年提前获释了，《中国人史纲》也就得以见天日。


　　上世纪80年代，柏杨另外一部剖析中国人民族劣根性的书问世，这就是《丑陋的中国人》该书在80年代出版后洛阳纸贵。据估计，《丑陋的中国人》当时在中国大陆至少出版了几百万本，但是由于那个特殊的时期，柏杨并没有能够拿到一分钱的稿费。2008年初春，柏杨病重，马英九到医院探望他，当面向柏杨保证

，“努力不让自己变得‘丑陋’”，2008年4月29日，柏杨病逝。