清朝建立以后，其中央权力机构沿用的是明朝的内阁加六部制度。所谓六部，指的是中国传统的吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。雍正即位以后，用军机处架空了内阁，变成军机处加六部的结构。进入近代社会后，清廷为了适应新形势的需要，在传统的六部之外特设立一个新部门，即“总理各国事务衙门”，也就是人们常说的总理衙门。

总理衙门是专门和外国人打交道的外交机构，但后来其功能越来越广泛，包括洋务运动的兴办实业、派遣留学生等，都在它的管辖范围之内。庚子年后签订的《辛丑条约》更是大大提升了总理衙门的地位，清廷在外国人的要求之下，将总理衙门改名为外务部，并列于六部之首。在当时，估计就再没有比和洋人打交道更重要的事情了。

新成立的外务部还有一大创新，那就是部中不分满汉，领导职位只设立一尚书两侍郎，打破了原先六部中设置满汉尚书和侍郎两套班子的制度。这一举措，等于是打破清朝沿袭了近两百多年的祖制，而外务部的变化，实际上也是后来的机构改革之先声。

为了适应新政的要求，清廷开始设立新的领导机构。1903年9月，为了振兴商务、发展实业，清廷在六部之外又成立了

一个新的商部，其职能不仅仅局限于商业，还包括实业（工业）和农业。后来，商部又将老的工部吸收合并，新成立的部门称为农工商部，成为一个负责全国经济发展的中央部门。与此相对应，地方上也纷纷成立了农工商局，作为地方上的经济管理机构。

在一个长期奉行农本商末为基本国策的国度里，从事商业和实业的人即使富有四海，也一向被那些羞于谈利的士人们所蔑视，但这次不一样了，当时农工商部的地位仅次于外务部，足见朝廷的重视程度。清廷公开倡导并奖掖实业，这在中国历史上是破天荒的第一次，就连那些朝廷大员们也不再羞于谈及商业和利益，都与时俱进了。

鉴于旧式军队毫无用处，清廷在商部成立后的次月又设立了一个新部门，这就是主管全国编练新军的练兵处。练兵处有庆亲王奕劻总负责，袁世凯和铁良协助办理。练兵处的成立，为袁世凯练就北洋军阀提供了天赐良机，这是后话（在下一节作详细阐述）。后来在清廷的中央官制改革中，兵部更名为陆军部（海军部另设），练兵处也被归并其中。

紧接着，清廷又成立了财政处，作为中央财政管理机构，在中央官制改革前，财政处主要负责清查各地财政收入；中央官

制改革后，财政处与户部合并，成立一个新的部门，即度支部（相当于现在的财政部）。1905年10月，清廷又决定成立巡警部（后改名民政部，相当于现在的公安部），以管理全国的警察并负责各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科举制度被废除，为了适应新教育体系的要求，清廷又成立了学部（相当于现在的教育部），并将原先的国子监吸收合并。为了法制交通和通讯，后来清廷又设立了邮传部。经过这些变化后，原先的六部制已经是支离破碎，这也为后来的中央官制改革提供了契机。

1906年11月，清廷进行中央官制改革，除内阁和军机处仍旧不变外，新设立或改名称的有11个机构，即外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、海军部、军咨府、资政院、审计院，新政时期的机构调整规模可谓前所未有。至此，隋唐以来的传统六部建置便不复存在，在这些机构里，清廷废除原先的满汉尚书双人负责制，而实行单一的领导制，革除“数人共一职”的低效管理方法。此时的清政府可谓是半新半旧，看起来虽然还有些别扭，有点但终究迈出了走向近代社会的重要一步。

一般来说，在设立新机构的时候阻力

较小，而裁撤改革旧部门的阻力极大。原因很简单，设立新机构可以为一些人提供做官的机会，而裁撤旧部门则要敲掉原先官员们的饭碗，受到的阻力可想而知。这种情况，不只是清末新政有，历朝历代的改革都是如此。不过，清廷当时还是排除了重重阻力，将一些有名无实、不适应时代发展要求的旧衙门加以裁撤或者归并。

从1902年2月开始，清廷便开始有计划的裁撤归并那些有名无实或者职能重复的中央主管部门。首先被裁撤的是《江楚会奏变法三折》中提到的漕运屯田卫所。屯田和卫所本是为漕运而设立，但当时漕运早已是有名无实，屯卫反成为一大弊政。同时被裁撤的还有河东河道总督，这个机构本是为治理黄河而设，但收效甚微，而每年靡费无数，其被裁撤后，由河南巡抚兼管相应事务。1902年3月，清廷又将一些闲衙分别裁并，如管理太子事务的詹事府（清朝最后三个皇帝都没有子女，哪来的太子？！），被裁并入翰林院；通政司直接被裁撤；太常寺、光禄寺和鸿胪寺被并

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