1987年暑假,教育部给了他一个月的学术休假。章开沅趁此良机,来到耶鲁大学神学院图书馆查阅资料,因为该图书馆收藏了一批1949年以前(也有少量1950、1951、1952等年份的)较完整的原在中国设立的13所教会大学的珍贵档案。在翻阅资料的时候,章开沅意外发现了贝德士老师生前所保存的全部文献。在深为其中丰富的内容所吸引的同时,让章开沅更为惊讶的是,该文献保留了许多有关南京大屠杀的珍贵原始资料。
南京大屠杀是第二次世界大战期间日本军国主义者侵华暴行中最具代表性的罪行。但从20世纪80年代“历史教科书事件”开始,日本国内右派就不断有计划有组织地开展否定南京大屠杀的活动。他们猖狂地叫嚣,有关中国南京大屠杀的资料和书籍都不是当时当事人的真实记录,不是第一手材料,对这些证据的真实性给予抹杀。鉴于日本右翼势力的日益猖獗,作为历史学家的章开沅,慧眼识珠,敏锐地意识到这批文献资料的价值,但苦于当时停留美国时间较短,未能认真详细阅读这些资料。
直至1990年8月,章开沅摆脱了学校行政事务,应邀到美国正式进行中国教会大学史的研究。第一年在普林斯顿大学从事研究和教学工作,仍然顾不上接触耶鲁神学院这批藏档。1991年7月至1992年3月,受鲁斯基金资助,章开沅专程前往耶鲁大学神学院,潜心阅读《贝德士文献》。将这1000余卷的文献全部仔细查阅一遍后,章开沅从中整理并复印了有关南京大屠杀的珍贵史料1000余页,同时也复印了一套送给纽约“纪念南京大屠杀受难同胞联合会”。其后,章开沅应邀前往加州圣地亚哥大学分校讲学。在美国大学教书是非常花费时间和精力的,所以章开沅在执教期间还是顾不上整理与研究这批复印资料。1993年夏天,章开沅应邀访问日本,随后又在8月底应聘前往台北政治大学任教。滞留期间,亦无暇研究这批资料。
几经周折,直到1994年春,章开沅回到武汉后,才有时间把这批复印资料初步加以清理归类,为进一步研究做必要的准备。同年10月,应湖北人民出版社之约,撰写了《南京大屠杀的历史见证》一书,对间断已久的耶鲁期间的工作做出初步小结。当时正值中日关系的友好时期,经过一些周折,此书于次年7月出版。那时,他所在的学校没有将它作为一项科研成果上报。而武汉一些高校的众多青年学生,他们或则邀请章开沅去演讲,或则排队等他签名售书,给了章开沅以安慰。
1995年元月,香港中文大学崇基学院以“黄林秀莲访问学人”名义邀请章开沅去讲学与研究,到7月底才离港返汉。在此期间,为纪念抗日战争胜利50周年,章开沅应邀与旅美华裔女导演汤美如合作,利用手头丰裕的资料,编译了《南京:1937.11—1938.5》一书。这两本书第一次较系统地利用了南京安全区国际委员会的原始档案和作为该会成员的贝德士等外籍人士的私人文献为研究蓝本,海外许多新闻媒体对此特别关注并争相报道。
上面两本书出版后,在国际上引起很大反响。但日本右翼学者寻找各种借口攻击“贝德士文献”,认为它只是当时个别人的记述,带有很大偏见等等。
为了回击日本右翼分子这一荒谬的言论,章开沅利用他再次前往耶鲁神学院图书馆所查阅的资料,将当时留在南京的9位传教士及一位在南京大屠杀之后到南京的传教士共10人的原始资料编译成册,是为《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀(1937—1938)》一书。与前面的两本书相比,此书更详细、全面。从取材上来讲,上述的两本书主要是在《贝德士文献》的基础上写成的,而此书在充分利用《贝德士文献》的同时,取材范围还扩大到“中国文献项目之私人收藏”、亚洲基督教高等教育联合董事会档案、《史德蔚文献》等。从内容上来讲,前两本书只利用了贝德士遗留的原始文献,后者增加了许多资料,除了贝德士文献外,还有费吴生、福斯特、麦卡伦、马吉、米尔士、史迈士、华群、威尔逊等人遗留的原始文献。这些资料都是南京安全区国际委员会这个外籍人士群体,为侵华日军南京大屠杀暴行撰写的最为详尽的实录,其公正性、真实性与严谨性是任何人也无从否定的。所以,此书的史料价值极高。与以往注重学理论辩的论著不同,章开沅在编著这些书时,尽量原文照录,不作删节或少作删节,其目的就是为了让读者直接接触当时、当地、当事的第一手材料,便于读者做出自己独立的判断。正如他在书中引用贝德士的话所言:“如果事实说明了一个现代军队的种种野蛮行径,那就让事实说话吧。”