朱由淞当然不愿意让出皇位了，采取了“拖延”战术，开始了冗长的真伪辨认过程。南明官员们纷纷前往探视朱慈烺，或递送名帖。但对于太子的真伪，大家莫衷一是。朱由淞怕夜长梦多，下令将朱慈烺移到宫中严加看管。他再召集元勋显贵和大学士[注: 大学士，官名。唐景龙二年（708）置修文馆（后改弦文馆、昭文馆）大学士，至德二年（757）置集贤院大学士，元和年间后，皆由宰相兼领。]马士英等人商量如何了结此事。马士英迎合朱由淞的意思，当即认为朱慈烺是假太子，还提出了三个疑点：一，太子逃离北京后为什么不来陪都南京，反而在杭州苏州一带游荡；二，听闻太子严肃凝重，不善言语，但此人善于机辩；三，北京的满清朝廷也正在审理“太子案”，还不知道真伪。马士英极力主张南京的朱慈烺是假的，进一步建议弘光帝询问朱慈烺永、定二王[注: 二王二王，后人将东晋大书法家王羲之和王献之父子并称为“二王”。 王羲之 王羲之 出身于一个书法世家的门庭他的伯父王翼，王导；堂兄弟王恬，王洽等都是当时的书法名手。]的生辰及宫中制度，同时找出曾教过太子的方拱乾、李景濂、刘正宗等人前去“会审”。最后的审问开始后，这个朱慈烺对着紫禁城地图，一一指出了各宫由何人居住。一个官员突然问：“公主现在在哪里？”朱慈烺回答：“不知道，想必死了吧。”方拱乾、李景濂、刘正宗出现后，朱慈烺只认识方拱乾。方拱乾就问他当年讲课的场所，授课的内容。结果朱慈烺都答错了。又有官员问朱慈烺嘉定伯(周奎)的姓名，朱慈烺拒绝回答。最后，大学士王铎认为眼前的朱慈烺是假冒的，得到了众人的附和。在场的通政司[注: 通政使司-明代中央掌受内外章疏敷奏封驳之事的官署。依明太祖朱元璋意﹐政犹水也﹐欲其常通﹐故以通政为名。简称通政司。俗称银台。]杨维垣出面指认眼前的朱慈烺是已故驸马都尉王昺的侄孙王之明。于是众人以奸人假冒太子结案。朝廷随即布告天下，“以正视听”。 


　　南明太子案的审理同样疑点重重，结案后引起各地官员和百姓一片哗然。南明王朝[注: (1368-1644) 公元1368年,强大的蒙古帝国元终在一片的农民起义中结束。取而代之的是由朱元璋建立的明王朝,我可怜的中华民族从一个厄运又走进另一个黑暗的长夜。]本来根基就不稳，地方藩镇将领手握重兵，对朝廷虎视眈眈。现在太子被判定为假太子，早对马士英不满的武汉藩镇左良玉称奉太子密诏率部救难，进攻南京，要杀马士英。南明朝廷乱成了一团。清军大举南下，五月十日弘光帝出逃。十一日，南京百姓数百人砸开监狱，救出朱慈烺，给他披上演戏用的龙袍，拥他做皇帝。这个朱慈烺还真的进入皇宫做起了皇帝，接受臣民的朝贺，还向南京内外发号施令，很有那么回事。可惜他只在乱哄哄中做了五天皇帝，就被攻入南京的清军抓住了。不久，逃亡的朱由淞也被抓住，押回南京与朱慈烺“团聚”，两人一起在北京被处死。 


　　这一南一北、最初的两个“太子案”都以认定当事人为“假太子”结案。但是两个案子都没有严密的审理过程和让局外人信得过的证据，留下了许多疑问。民间纷纷传说朱慈烺藏在民间，衍生出了在粤东嘉应州(今广东梅县)阴那山出家为僧、归隐四川的传说。随着时间的推移，清朝的统治越来越巩固。太子朱慈烺、永王朱慈炯、定王朱慈炤三人的年纪越来越大，对清朝的威胁也在减弱。尽管如此，在反清势力心目中，明朝皇子始终具有强大的政治号

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