在供职于清华大学的24年期间，冯友兰作为清华主要领导之一，他襄助校长，竭诚尽力，贡献甚多。在历史的紧要关头，他临危受命，或代理校务、或管理学校，担当重任，不负众望，使清华大学度过难关。他第一次代理清华校务是在罗家伦辞职到梅贻琦[注: 梅贻琦，中国教育家、清华大学原校长。早年就读于天津南开中学。1909年考取清华“史前期”第一批“直接留美生”，入吴斯特工业学院习电机工程。]就职这段时间。第二次管理清华大学是在解放军占领北平前后，从校长梅贻琦离校到中共军代表吴晗接管清华校务这段时间。在炮声隆隆、兵临城下的岁月，在兵荒马乱、人心惶惶的年代，冯友兰领导清华校务会议，稳定清华局势，团结教师队伍，保护学校财产，把清华大学完好地保护下来。

    1948年11月底，北平成为一座危城。蒋介石知道国民党在华北大势已去，他决心把留在北平学术界和文化界主要人士接到南方。在当时南下的少数人中间，清华校长梅贻琦是其中一位。除了政治方面的原因之外，梅贻琦离开北平南下的主要原因是为了保护清华庚款基金。12月14日，梅贻琦与冯友兰见最后一面，托以大任。次日，大批解放军正式宣布围城，梅不能返校，以电话通知，请校务会议代理校务，冯友兰先生为主席，暂主持校内事务，设法维护校产及师生安全。

    在梅贻琦走后的第二天，清华大学就召开校务会议，冯友兰出席会议。鉴于1931年罗家伦辞职后，冯友兰代理校务出色地完成任务的经验，按照梅贻琦的电话通知，会议决定，因梅校长离校未回，推举冯友兰为校务会议临时主席；并决定，自本月20日起照常上课，并成立学校保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。

    就在冯友兰担任校务会议主席的当天晚上，国民党军队进驻清华大学校园，在生物馆前面操场上布置了炮兵阵地，情形十分危机。冯友兰临危不惊，指挥若定，化险为夷：“我原来定于那天晚上在家里请客，主客是一位新来的美国社会学教授，社会学系的教授作陪，意思是为那位美国教授接风，并介绍他同社会学系教授见面。厨房的人来问：‘晚上的酒席是不是还开？’我说：‘照常开。’到了晚上，那位主客没有来，他大概是刚来北京，就看见北京要解放，所以就赶紧打退堂鼓，转回美国去了。可是陪客全到了，校园墙外边枪炮声连续不断，我们仍然吃饭谈笑，一如平日。吃饭以后，有人来报告，说傅作义的军队退到校园以内了，并且在生物馆前面操场里布置了炮兵阵地。我看事情紧张了，清华可能成为战场。我一面通知保卫委员会，请他们同傅作义的军官们商量，请他们退出校园；一面通知各家眷属，如果有需要可以到图书馆楼下躲避。后来听说，傅作义的军官们已经答应不在校园内布置阵地。”次日早晨，傅作义军队全部撤走，退守白石桥、动物园防线。

    要做好学校稳定工作，首先要解决的是经费问题。清华大学的经费主要来自美国庚子赔款，这笔美金特款存纽约华美协进社及银行，由校长梅贻琦亲自经管签字支付。可梅贻琦临走时并没有将基金支配权移交给冯友兰。梅贻琦离校时，他的助理秘书李天朴

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