会士阳玛诺、邬若望(Jean Ureman, ?-1621)、金尼阁 、鲁德昭(Alv. de Semedo,1585-1658)、傅泛济、邓玉函又偷偷到了内地。从此事件 来看，天主教徒和东林党在抗击满族的战略、策略上相当一致。
东林党敢于在军事上任用天主教徒。1630年，被阉党称为东林党“地短星出林虎”的大学士孙承宗出任兵部尚书，重提徐光启方案。由陆若汉(Jean Rodtrgues, 1561-1633)联络的葡军及其装械分两批进 入内地。首批由澳门居民捐献的十门大炮 （有几门是从荷兰和英国人手中缴获）和六名炮手到达前线。第二批160名葡军和200非葡籍的军人在到达南昌后，受广东商人的阻扰，没能继续北上。 十门大炮在前线作用很大，天启六年(1626)，宁远之役，袁崇焕用张庚带来的大炮重伤努尔哈赤，致其死。徐光启《西洋神器既见其益宜尽其用疏》称：“克敌制胜者，……大炮一器而已。一见于宁远之歼敌，再见于京都之固守，三见于涿州之阻截。”天主教徒是明末的炮学专家。徐光启领汤若望、毕方济、龙华民、李之藻、孙元化、张庚铸大小炮四百余门。汤若望、焦勖有《火攻拿要》，孙元化有《西法神机》，两书在清代也是铸炮教科书。崇祯十六年(1643)，清兵来犯之际，陈子龙“以郡少火器，聘精西学者陈（于阶）博士，造大小炮数百位”。 陈于阶是徐光启外甥，跟徐光启学历，任钦天监博士，是天主教徒。在坚守江南失败后，陈于阶自缢于南京雨花台天主堂。
扬州、南京失守后，临江靠海的松江、嘉定是酝酿抗清的据点。弘光元年(1644)，陈子龙和夏允彝在松江府城起义，当时当地的大族领袖都参加了。在上海，势力强大的天主教大族更是抗清的中坚。西文书有记载，松江的天主教徒在潘国光领导下，参加了抗清活动。除了徐光启家族外，上海豫园主人潘氏家族的潘复（公权），受托临时镇守上海县城。潘氏和徐家联姻后，加入了天主教。徐光启孙女和潘复合力，把城北潘氏故居“世春堂”，建成天主教“敬一堂”，主持者是意大利会士潘国光(Francois Brancati, 1607-1671)。在动乱之际，潘复和潘国光在动员和安 抚教徒民众。中文记载中有佐证。在响应陈子龙、徐孚远起义的江南人士名单中，除了著名的侯峒曾、黄淳耀外，确实还有徐光启的学生“编修休宁金声”，耶稣会士“西儒上海潘国光”。
给事中陈子龙，孝廉徐孚远阴与陈湖义士率诸亡命起兵。（夏允彝）公以尺书招志葵与参将鲁之舆，率舟师三千，自吴淞入淀泖，将窥苏州。公出入诸军，飞书檄联络士大夫，共举义旗。于是吏部尚书嘉兴徐石麒，左通政嘉定侯峒曾，进士嘉定黄淳耀，职方吴江吴易，职方监军嘉善钱楠，嘉定知县钱膜，昆山知县杨永言，总兵黄南阳，编修朱天麟，□□江阴黄绥祉，孝廉丹阳葛麟，行人宜兴卢象观，编修休宁金声，镇南伯黄蜚，总督华亭沈犹龙，舍人李待问，武选平湖倪长圩，御史长洲李模，西儒上海潘国光，总兵太仓张士仪，总兵嘉定蒋若来等，竞起兵为恢复计。
潘国光是上海起义的领袖。据统计，1639年，潘国光在上海发展了1,124个教徒，1640年达到3,000人。上海的基督徒已经是一支不可忽视的地方力量，上海人多有海船，据有入海口，其地势和人力在松江起义中很重要。潘国光没有殉难，1665年因教难离开上海，去广州。1671年去世后，灵柩被教徒迁回上海， 可见上海人怀念之情。杜登春《社事始末》说：“乙酉、丙戍、丁亥三年内，诸君子之各以其身殉国者，节义凛然，皆复社、几社之领袖也。”复社是江南抗清中坚，这是事实，但更全面地说，天主教徒也有组织地站在了复社、几社一边。
南明人物中瞿式耜死得最壮烈。瞿是钱谦益的学生，曾入阁，但被攻击为钱谦益的死党。明朝灭亡后，江南苏、松、常地区的原复社分子支持建立福王政权，式耜出任为应天府丞，广西巡抚。后又拥立桂王建立南明永历政权，任吏部、兵部尚书。
瞿式耜“四代甲科，鼎鼎名家，世传忠孝”。按西文，瞿氏还是二代基督徒，有许多记载。他孙子瞿昌文在清初编《虞山集》，常熟许氏在道光十四年(1834)刻为《瞿忠宣公集》。文集中，这位在教会很重要的人物，有关宗教的论述不见了。学术界据目前《瞿式耜集》难定式耜为天主教徒，其实文集中还有不少痕迹。可能他是和复社文人关系更近，不像徐、李，和他的堂兄式毂那样热心教会，但可以肯定地说，他是有宗教信仰的。在《讲求火器书》中，他大力推崇徐光启、李之藻、孙元化的火炮技术，其实就是推荐传教士。在知其不可而为之，扶明朝大厦将倾的日子了，瞿式耜己是常常想到死后，想到上帝和“天”。他有诗《问天》，其中很多首是基督神学的境界。如《其二》：“平生美好境，此日复何求？天地一身外，江山不我留。悟因空后得，心向死边休。领受须欢喜，参同在小楼谛÷ァ！本渲校翱铡笔羌俳璺鹧в镅裕傲焓苄雿欢喜”是基督教神学，视死亡为领受上帝的拯救，得享永福。《其四》：“佛教言生死，无过一了缘。朝闻才是了，圣训已居先……”。式耜先说死就是一“了”字，借佛教教义。后以儒家语言“朝闻道，昔死可矣”，按“天儒合一”的当时观念，儒道即为天道，他就是把天主教的“圣训”当做自己的信仰。兵败桂林，他端坐于室，凛然就傅。这种死亡结局正是他在《浩气吟》中安排好的：“正襟危左待天光，两鬓依然似清霜。愿作须臾阶下鬼，何妨慷慨殿中狂。……”。“待天光”，是基督教的特别语言，等待耶稣基督之光。在另一诗中，他批评老、庄之学在大难面前苟且偷生的态度：“不羡余生奉老庄”。 从这一点看，瞿式耜最后是以儒家化基督徒的态度去“视死如归”的。
天主教原来的教义并不像儒家那样地特别要求信徒忠于特定的政权，不强调“忠君”。但是四、五十年里，耶稣会士一直和儒家结为同盟，很自然地赞同起儒家“忠孝节义”的传统观念。
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