但是，终乾隆之世，仍有极少数计划收入《四库全书》的书籍未能全部补入。如乾隆帝的诗文作品，《四库全书》内早已留出了一定数量的空函，但当其本人尚在世时，自然无法编成全帙。因此，嘉庆八年（1803），又再次进行了最后的补遗善后工作。当时，奉命清查有关书籍情形的纪昀提出了一个比较庞大的增补计划，其中，既有乾隆末年《四库全书》告成之后纂辑的“圣制”、“钦定”各书，也包括当今皇帝所有“御制”、“钦定”诸编，总计约数十种书籍。嘉庆帝在全面审核纪昀所列书目清单，通盘考虑各项续补事宜之后，明确谕令：“《四库全书》原为高宗纯皇帝稽古右文、超佚百世之盛事，所有全书告成后，圣制诗文各集及钦定各书，自应敬谨补缮归架，以昭美备。此次应行缮补之书，总以乾隆六十年以前告成者为断，其余各书，一概毋庸列入。”据此，军机大臣详查应补各书具体情形，包括“共有若干种，及已缮若干种，未缮若干种，空函共有若干，已经归入者几种，尚未归入者几种”等等[45]，还“亲赴文渊阁、武英殿逐一看视，并传到原办全书提调之原任编修吴裕德面行详询”[46]，再与纪昀提交的书目清单相核对，最终确定应补各书实际上仅乾隆帝晚年诗文集四种以及《八旗通志》一书。当年年底，应补各书的缮写和校阅工作基本完成，并送交懋勤殿，于书册首页加盖“嘉庆尊亲之宝”或“稽古右文之宝”，末页加盖“侍闻诗礼懔心传”或“嘉庆御览之宝”各印。嘉庆九年初，应补各书经“武英殿按照旧式用分色绸装潢缮签”后，即首先于文渊阁“按次归架，共改做匣三十三个，新刻匣面四个，挖改匣面六十四个，均已竣工。其陈设排架图一分，亦已增改”[47]。至此，文渊阁《四库全书》终成全帙，而《四库全书》纂修这项大规模的文化工程，也得以画上一个完满的句号[48]。 

五、阁与书的历史变迁 

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