近代以来，清朝统治由盛转衰，列强入侵，战乱频仍，统治者穷于应付“千百年来未有之大变局”，再也无心典籍，文渊阁《四库全书》便一直深宫扃藏，处于无人过问的境地。经历了一百多年的风风雨雨，文渊阁《四库全书》幸得以保存下来。辛亥革命以后，清皇室尚居宫中，文渊阁书籍仍属内务府管辖。1917年春，内务府大臣绍英、世续、耆龄等因时移世易，恐文渊阁书籍有所遗失，便派遣堂主事汉章、堂掌稿笔帖式晋昌、锡泉、锡彬等人，按照原目、原函、原卷，对文渊阁《四库全书》进行全面清查，前后历时两月，方始毕事。检查结果发现经、子、集三部各有阙书、阙卷现象，其中经部阙《四书大全》十卷，子部阙《天经或问前集》四卷；《天步真原》一卷、《天学会通》一卷、《邓子》一卷、《公孙龙子》三卷、《鬼谷子》一卷、《关尹子》一卷，集部阙《李太白集注》一卷，总计二十三卷。内务府大臣当即委派堂笔帖式广仁、广龄、裕宽、裕荫等人，按照文津阁《四库全书》原本补钞齐全，经校勘无误后，照式装潢，安置于原阙架槅之上。为便于掌握文渊阁《四库全书》装函排架及书目、卷数情形，主管人员还将此次检查结果，参照《四库全书总目》及《四库全书排架图》，编成《清查四库全书架槅函卷考》四册，装成一函，存放于文渊阁内，作为今后利用或校阅阁书的参考书目。 

1924年底，清皇室迁出故宫，文渊阁《四库全书》暂归清室善后委员会接管。次年十月，故宫博物院成立，下分古物、图书两馆，阁书遂正式交由故宫博物院图书馆保存。1930年，图书馆组织有关人员，再次根据《四库全书总目》，对文渊阁《四库全书》进行清点，统计阁书凡3459种，36078册，6144函，无阙失现象[49]。 

1931年，“九·一八”事变发生，日本帝国主义占领东北，华北局势也动荡不安。为防止国宝遭到破坏，故宫博物院图书馆于1933年将文渊阁《四库全书》全部装箱，运往上海。其后随着战争形势的变化，文渊阁《四库全书》又辗转迁往重庆、南京

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