清初，清王朝实行大规模的“迁界”政策，将许多海岛当作“化外地”，“尽墟其地”。加上历史上一些不合理的开发，许多海岛的生态环境受到破坏，影响了海岛开发的持续后劲。如金门岛，宋元时期岛上有许多树木，水土保持较好，因此这一时期金门岛可以种植水稻。后由于移民的大量涌入，在开垦荒地时，植被遭到了破坏，加上明末清初屡遭兵燹，因此到了清代，金门岛到处是风沙，“山皆童”。[27]又如海南岛，开发的时间比台湾早，但由于开发不当，到近代反而落后于台湾岛。据清代张庆长的《黎歧记闻》记载，黎族“以年办贡木，恐致贻累，见花梨颇砍之，故老者渐少焉”。“盖琼田滨海洋者，苦风涛变成斥卤……唯居中一带稍膏沃，然春秋之间，黎水横溢，又往往已淡份为苦。故岁中亩无半收。田皆下下，即上田每亩不过五斗”。[28]而反观台湾，清初“番地亦禁开拓”，因此，森林保存较多。森林具有涵养水源、调节气候等多种功能，所以台湾岛农业开发的后劲很足。
(三)历史发展导致的差异
我国历史的发展过程大体是自北向南，从黄河流域向长江流域、珠江流域逐步推进的。地区开发的先后顺序也大体上按这个趋向进行。历史上，岭南地区的开发比福建要早。秦始皇时期，移民大批南下岭南，奠定了中原文化在南方流播的基础。汉武帝元封元年(前110)，在海南岛设置珠崖、儋耳两郡，设16县，掀起了海南历史上第一次有组织的人口迁移运动。从汉至唐，岭南的开发层次都比福建、浙江等地区要高，岭南广东地区海岛的开发要比浙江、福建等地的海岛开发要早。由于琼州海峡比台湾海峡狭窄，另外，秦汉时期，琼州海峡和北部湾接近移民南下的通道，又是对外交通航线始发港徐闻、合浦港的所在地，故海南岛开发的时间最先，持续的时间也最长。
福建人口在北宋初年仅有43．4万户，南宋初年增长到104．4万户，南宋嘉定十六年(1223)为160万户、323万人，明洪武十四年(1381)为8l万户、384万人，嘉靖十七年(1538)为1477．
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