茂在寅男用声纳探测了整个伊万里湾的海底，发现海湾里存在着一连串的声纳异常，但最终没有发现沉船或其它大型残骸。除此之外，茂在教授找到了大量的文物，包括刀剑、陶瓷、箭头等，虽然没有确证此地即为忽必烈舰队的沉没之地，但他为日本新生代的考古学家指明了方向，其中便包括林田宪三（Kenzo Hayashida）。

林田宪三1981年在美国宾夕法尼亚大学获得考古学硕士学位，此后回到日本并选择了水下考古为自己的发展方向，他的目标也是寻找忽必烈“消失的舰队”。

正当林田宪三对从哪里开始寻找大汗的舰队一筹莫展之际，鹰岛铜印的消息传来，林田宪三也有了方向。1994年，他成为九州·冲绳水下考古学协会会长，组织了一支由潜水员、考古学家、海洋学家等多学科专家组成的考古队，在伊万里湾进行保护性发掘工作，从10月中旬开始，为期两个月。

针对蒙古舰队存在证据始终缺失的情况，林田宪三决定从寻找大型船舶存在的证据入手，首先确定海底声纳异常是地形的自然起伏还是舰队的残骸。

潜水点离海岸只有一百多米，林田和其他潜水员乘快艇来到指定位置。他们要找寻的谜沉睡在十多米深的海底，覆盖在一米厚的淤泥之下，已被掩埋了七个世纪。

考古队在一点五米厚的淤泥下找到一个巨大的木质结构物体——一个超过一人高的木锚。林田宪三迅速将之转移到实验室，浸泡在高浓度的糖水中，并进一步分析木锚的来源。根据木锚的尺寸，可以确定其来自于大型的远洋船只，但它是否是就来自1281年征讨日本的蒙古舰队呢？

研究人员从木锚里提取了花粉进行测试，结果表明制造木锚的材料是产自中国的红栎木；C14测年表明木锚所用木料距今770±90年，即树木生长于1134-1214年这个时间段里，而蒙古舰队侵日发生在这个时间范围的右侧，时间上基本吻合；同时，木锚中镶嵌的花岗岩成分与中国福建的花岗岩成分完全一样。

1994年调查具有里程碑式的意义。在这次调查中，林田宪三的团队一共找到了三个巨大的木锚，其中两个镶嵌有花岗岩。在九州·冲绳水下考古学协会接下来组织的几次调查中，林田宪三的团队又相继发现了七个同样的木锚，这说明他们找到的是一支舰队。而根据木锚倒向海岸排列的特点，专家断定船身应该沉没在木锚和海岸之间。随着清理海底淤泥工作的深入，潜水员打捞出了几千块破碎的船板，还有蒙古士兵的头盔、刀、剑、箭头、士兵的遗骸甚至还有世界上最早的“炮弹”。

林田宪三最终找到了忽必烈大汗征日霸业的梦碎之地。

破解“神风”迷梦

然而，为什么忽必烈的精锐之师最终会葬身鱼腹？七个世纪来，日本人坚信是“神风”从蒙古舰队手中拯救了日本。在天皇被神化的末期，“神风”传说甚至演变成为了凝聚日本国民信心的救命稻草。

然而，真相显然不会如日本小说中描写的那般，传说中的“神风”更可能是一场台风。但是，这需要更加扎实的证据证明。

林田宪三邀请了热带风暴专家朱利安·海明（Julian Heming）帮助他调查1281年的8月是否有台风袭击过日本。在分析了近年来影响当地的台风之后，朱利安认为，台风频繁光顾日本的时候一般是8-10月，如果在这个时候被困在海上无法登陆，蒙古舰队确实很有可能遭到台风的袭击；根据种种迹象来看，还可能是有史以来最强大的台风之一：超级台风。

朱利安·海明用2003年9月的超级台风“鸣蝉”（Typhoon Maemi）移动的路径模拟出1281年台风运行的轨迹：台风形成后向西北移动到日本西南，而此时蒙古舰队就停泊在这里；当台风在极短的时间内加速席卷至沿海地区，舰队已没有足够的时间来调整阵型应对，十几米高的海浪若泰山压顶，舰船被抛向海岸，撞得粉碎。

在朱利安进行气象模拟的同时，林田宪三和他的团队则重新回到伊万里湾寻找更多台风存在证据。通过多次的水下调查，他们也有了新发现：海底十个木锚系缆绳的一端都是朝向海岸，表明有一股强大的力量将船从海洋向海岸抛去。这更加有力地证明了，蒙古舰队很可能的确遭遇了一场超级台风。