经过省一级的改革，地方的民政、财政、军事、政法等控制大权，全都集中到了中央。中书省的职权越来越大，有时竟同皇帝发生冲突。这使朱元璋认识到：中央机构的改革也势在必行。早在登基之初，就有人给朱元璋上奏，列举了元朝灭亡的种种原因。朱元璋看后说道：“你说的都不是最重要的，元朝的灭亡在于委任权臣，下边事不通过中书省便不能达到皇帝手中，上下蒙蔽，造成大臣擅权跋扈。”洪武十三年(公元1380年)，此话果然言中，丞相胡惟庸在朝中大权独揽，拉帮结派，排除异己，阴谋政变。朱元璋靠着直接控制的禁军和特务组织，才捕杀了胡惟庸及其党羽，当时被杀者达三万多人。朱元璋趁机废除了中书省和丞相制，对中央行政机构进行了彻底的改革。

废除了中书省之后，朱元璋提高原属中书省辖的六部权力，以六部治国。并且规定以后子孙不准设丞相一职，如有人敢奏请设丞相者处以极刑。这个规定在明朝后来的帝王中，没有一个敢违背的。这样，朱元璋既是皇帝，又兼行丞相职权，从而使他成为中国封建社会中最为集权的皇帝。

废除了中书省和丞相后，大大小小的政务都全部集中到朱元璋的手中。这样，他每天要处理的事非常多，需要有人辅佐。因此，朱元璋在废除丞相后，便设置了殿、阁大学士，让他们随侍左右，以备顾问，但不能参与政务，也就是说他们只相当于皇帝的私人秘书。

将帅和军队之间的关系，历来是皇帝最为伤脑筋的事情。打仗必须靠军队，军队则必须有统帅，但是，将帅手中握有重兵，易产生骄悍、不易控制的状况。以往的皇帝为解决这个问题，采取了“兵无常将，将无常兵”的措施。朱元璋将元朝统兵的枢密院改为大都督府，节制诸军务。但不久，他仍觉得大都督府权力太大，便又将其一分为五，即前、后、左、右、中军都督府，让他们互相牵制。都督府管理军队、军政，但必须听从兵部的命令。兵部有发布军令、铨选军官之权，却不能统率军队；都督府有统率部队的权力，却无权发兵、调兵。如果有战事，皇帝下令，兵部传令，都督府率兵打仗。这样，兵权也集中到了皇帝手中。

司法监察机关在元朝叫御史台，专门审察、弹劾百官。朱元璋改御史台为都察院，职权是纠劾百官，辨明冤枉。都察院设左右都御史[注: 　 左右都御史 　官名。明置左、右都御史为都察院长官，秩正二品，掌监察内外百官，并与刑部、大理寺共同审理重大案件。清以左都御史为都察院长官，]，统辖监察御史。监察御史官职不高，权力很大，对各级官员都有权力弹劾、告发。

经过一系列的政权机构改革，朱元璋把全国的军政大权都集中到中央，最后归自己一人掌握，使封建皇权专制制度达到最高峰。在他的苦心经营下，自己的统治机构更加完善，威慑力量更加强大。朱元璋自己也认为这一套统治制度是极为严密的，是确保朱家王朝“万世一统”的最好的制度。他特地编订了一部《明皇祖训》，要求他的子孙必须世代遵守，不得改变。

发现贪官污吏，坚决治罪

在对待官吏上，朱元璋一面任用官吏为自己的统治服务，一面用严刑峻法，惩治官吏队伍中的不法之徒。朱元璋对官吏管制之严、打击之重、诛杀之

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