年，孔元章赴台招抚失败后，施琅即上《边患宜靖疏》，次年又写《尽陈所见疏》，强调“从来顺抚逆剿，大关国体”，不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使“赋税缺减，民困日蹙”；必须速讨平台湾，以裁防兵，益广地方，增加赋税，俾“民生得宁，边疆永安”。他分析双方的力量，指出台湾“兵计不满二万之从，船兵大小不上二百号”，他们之所以能占据台湾，实赖汪洋大海为之禁锢。而福建“水师官兵共有一万有奇，经制陆师及投诚官兵为数不少”，只要从中挑选劲旅二万，足平台湾。他主张剿抚兼施，从速出兵征台，以免“养痈为患”。施琅这一主张，受到以鳌拜为首的中央保守势力的攻击，以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把他的建议压下来。施琅的议谏被束之高阁，甚至裁其水师之职，留京宿卫，长达13年，但他仍然矢志复台报仇，坚韧不拔。在京之日，他注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，“日夜磨心熟筹”，以俟清廷起用。
康熙二十一年（1682年）十月，清政府平定了“三藩”之乱后，施琅终于在李光地等大臣的力荐下，复任福建水师提督之职，加太子少保衔。他回到厦门后，便“日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，躬亲挑选整搠”，历时数月，使原来“全无头绪”的水师“船坚兵练，事事全备”。
1683年6月14日，施琅督率军由铜山出发，很快攻克了郑氏集团在澎湖的守军刘国轩部，此后，施琅又一面加紧军事行动[注: 概述 军事行动，指有组织地使用武装力量的活动。在战争时期和和平时期有着不同的意义。往往配合军事计划，以代号指称不同的任务以便执行。]，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然的说：“人心风鹤，守则有变；士卒疮痍，战则难料。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”郑克塽毕竟是聪明的，听从了刘国轩的劝告。
8月13日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，自往祭郑成功之庙，对郑氏父子开辟台湾的功绩作了高度的评价，自称克台是为国为民尽职，对成功毫无怨仇。（原祭郑成功文：自同安侯入台，台地始有居民。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何。今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已。“祭毕，施琅哽不成声，热泪纵横。郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期[注: 春秋时期（前770年—前476年）或称春秋时代，简称春秋。东周的一个时期，春秋时期的得名，是因孔子修订《春秋》而得名。这部书记载了从鲁隐公元年（前722年）到鲁哀公十四年（前481年）的历史。]的伍子胥所能比拟）。以上几个方面显现施琅攻打台湾不为私仇，而是为统一国家立下汗马功劳。
施琅一开始就坚决反对“迁界”。他说：“自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封
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