调和论者借文化的民族性拒斥文化的时代性（世界性），蔡元培尽管强调文化融合中必须以“我”为主保持文化的民族性，但他应注重文化的时代性：“现在最紧要的工作，就是择怎样是善，怎样是人类公认为善，没有中国与非中国分别的”（蔡元培：《为中国本位的文化建设复何炳松柏丞教授函》，《申报》1935年1月19日。），此“善”当然是指符合中国现时的需要并反映着世界文化发展趋势的东西（即文化时代性）。蔡元培批评当时“返忆旧文明的兴会，不及欢迎新文明的浓至。”（《社会主义史序》，《蔡元培*论著》。）体现蔡元培对文化时代性的鲜明态度。
不可避讳的是，蔡元培的中西文化比较也有它的局限性。首先，蔡元培的中西文化比较，尚未摆脱“依傍”、“比附”的陋习。将一些西方独有的先进思想说成中国早已有之，例如，蔡元培认为“我们中国本有一种社会主义的学说，”《论语》中所言“有国有家者，不患寡而患不均，不患贫而患不安。盖均无贫，和无寡，安无倾。远人不服，则修文德以来之。既来之，则安之”即是。把一些风马牛不相及的思想互相比附，重落“西学中源说”窠臼。一定程度上影响了蔡元培中西文化比较研究的深度。
其次，蔡元培主张中西文化互相融合，“谋合的方法，必先要领得西洋科学的精神，然后用他来整理中国的旧学说，才能发生一种新义”（《杜威六十岁生日晚餐演说词》，《蔡元培哲学论著》河北人民出版社1985年版。）这使他避免了民族虚无主义，在引进西方文化同时，也重视对中国传统文化的梳理和研究。但是，蔡元培在具体的中西文化比较中亦出现了精华与糟粕不分的情况，出现了美化传统的倾向。例如，他说中国有“平民主义”传统，“君主对人民而负
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