顺治三年(1646)，郑芝龙投降清朝。郑成功劝阻不成，于第二年自称招讨大将军，举旗抗清。七年(1649)，郑成功夺取厦门、金门并周边诸岛为根据地，完善军政建置，集粮筹饷，扩军练兵。郑成功认为厦门金门地域狭小，不能养兵生聚，了解到台湾有发展的前景，适逢有人进献台湾地图，讲述台湾被荷兰人占领的情形，于是决定收复台湾。郑成功的理由是：“该岛一向是属于中国的。在中国人不需要时，可以允许荷兰人暂时借居；现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰客人，自应把它归还原主，这是理所当然的事。”[3]

郑成功出兵，很快收复台湾，并在台湾岛设一府二县，立法建制，修整军队，屯田垦荒。郑成功占据台湾后，清廷为了封锁沿海人民同郑成功所代表的海外敌对势力的联系，实行了严厉的迁海、禁海政策。郑成功死后，全国大规模的抗清斗争渐趋平息，百废待举，人心思定，其子郑经为首的郑氏政权已成为制造国家分裂、地方混乱的割据势力。郑经坚持“如琉球朝鲜例，不登岸、不剃发”，拒绝招抚。清朝与台湾郑氏政权认真谈判，但谈谈停停，十几年没有大的进展。在此期间清方做出了极大让步，最后甚至不但同意郑氏永守台湾、按时纳贡、通商贸易，而且一度默认郑氏不剃发不易服，只要求他与世无争，保持沿海人民的生命财产安全，永远和平。但郑经自恃有“波涛之险”，对谈判缺乏诚意，因此，一直未能与清朝达成协议。

康熙二十年(1681)以后，形势发生了变化。郑经病故，郑氏集团内乱，台湾社会矛盾趋于激化，到二十一年(1682)，台湾发灾荒，民不聊生，郑氏统治发生了深刻的危机。而清方则取得平定三藩的胜利。统一台湾的问题，便提上了清廷的议事日程。

在统一台湾问题上，清廷一直存在两种对立的意见。20年来，双方争论的实质在于台湾的归属和归宿。反对派以“海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全为由”，根本上是以天朝大国自居——台湾远在海外，无足

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