早在1945年，奥本海默就曾写过一份有关氢弹的秘密报告，认为“不应该在研究氢弹上耗费任何努力”。但5年之后，杜鲁门决定发展这个巨大的杀人武器，并且禁止所有科学家公开讨论这个决定。奥本海默感到非常失望，一度考虑辞去顾问委员会工作，他认为这“触及了道德上的根本问题”。

1953年，艾森豪威尔总统上台。奥本海默牵头向政府呼吁，实行明确而“坦承”的核武器政策。换来的结果却是，总统下令切断奥本海默与政府核秘密的联系。因为著名的麦卡锡参议员，早已向艾森豪威尔政府施压，并打算亲自开始调查奥本海默。

刚刚获任原子能委员会主席的刘易斯·斯特劳斯，一直与奥本海默不和。在他眼里，奥本海默是“不愿打仗、不渴望胜利的将军”。他打算趁此机会把奥本海默从政府机构清除出去。奥本海默则告诉对方，自己不会辞职。

在这一年的圣诞前夜，奥本海默接到了委员会的正式起诉书。针对奥本海默的忠诚调查委员会成立，不过3名成员都是斯特劳斯精心挑选的。奥本海默则请来律师为自己辩护。

听证会从1954年4月12日开始，整个过程几乎是对奥本海默的一种羞辱。在4月18日复活节的晚上，原子能委员会前任总顾问乔·沃尔普劝告奥本海默，“离开这里，不要再继续了，我觉得你不会赢的。”

爱因斯坦也来到奥本海默的办公室。他认为奥本海默“没有义务使自己成为这场政治迫害的受害者”。“如果这就是国家所给的回报，就该转身离她而去。”爱因斯坦给了奥本海默这样的建议。不过，奥本海默没有接受这个建议。爱因斯坦只能冲着奥本海默向自己的助手叹息，“真是个傻瓜”。

沃尔普的判断很快得到印证，忠诚调查委员会判定奥本海默有罪。但奥本海默只是告诉他的朋友，“爱因斯坦不理解，我对这个国家的爱正如对科学的爱一样深。”

1957年，奥本海默在哈佛大学举行讲座，4天前麦卡锡刚刚去世，奥本海默在开始讲座前，在黑板上写下了一句“愿他安息”。

6年之后，美国总统亲自将费米奖授予奥本海默。曾任原子能委员会主席的利林塔尔评论，这是“为给奥本海默所蒙受的仇恨和丑恶的罪行而举行的赎罪仪式”。

而在奥本海默去世后的悼念仪式上，他的一位同事回忆，在被调查期间，他也曾问奥本海默是否想过到国外定居。但奥本海默眼含热泪回答他，“见鬼，我偏偏深爱着这个国家。”他还开玩笑说，自己的祖国花费在监视和调查他上的开销，远比在他领导曼哈顿工程时提供的薪水多得多。

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