南朝博物学家陶弘景把千仞积累的经验和知识搜集起来，结合自己的实践经验，进行了另一次总结，整理成《本草经集注》一书。共得药物七百三十种，书中，他首创按药物的自然属性和治疗属性分类的新方法。首先把七百多种药分为草、木、米食、虫兽、玉石、果菜和有名未用等七类，这种分类方法后来成了我国古代药物分类的标准方法，在以后的一千多年间一直被沿用，并加以发展。陶弘景还首创治疗性能对药物进行分类的方法，例如，祛风的药物有防风、秦艽、防己、独活等，就归在同一类。这种分类方法便于治疗参考，对医药的发展业起到了促进作用。