由于科学传教团成员是由耶稣会士组成，在受命之始就受到来自教会方面的阻力，罗马教廷传信部、耶稣会总会长都极力阻挠路易十四派遣传教士来华。为了维护其在东方的保教权，葡萄牙政府也对他们进行种种刁难，因此科学传教团一行只得从宁波登陆，而无法从葡萄牙控制的澳门进入中国。他们同清政府的联系也不是通过在华的耶稣会，而是通过当时担任清廷钦天监监正的比利时传教士南怀仁与康熙帝联络。

法王的限令与教会的禁约

　　法国传教士来华是“以国王臣民的身份生活在异国他乡”，为了确保科学考察任务的完成，路易十四禁止洪若翰、白晋、张诚等人宣誓(宗教仪式)，因为一旦宣誓他们就要像其他传教士一样，忙于教务，不可能将大部分精力投入科学观测，而罗马教廷传信部、耶稣会总会长却坚持他们必须履行宣誓。是否宣誓，就成为双方争执的一个焦点。为了强迫科学传教团的成员就范，教廷传信部取消了洪若翰、白晋、张诚、刘应、李明5人传教士的身份。作为耶稣会总会长代表的视察员方济各(意大利人，1671年来华)甚至专门制定了针对法国传教士的“禁约”：不得进行天文观测；所有信件必须用拉丁文或葡萄牙文书写，不得用法文；所有寄往法国的信件必须先交视察员检查；任何人不得通过澳门以外的其他地区进入中国；在北京的法国人未经批准不得公开露面；未经视察员许可不得在钦天监任职等等。

　　教廷传信部、耶稣会总会长的阻挠、视察员制定的“禁约”都给来华的科学传教团成员带来种种困难，他们寄给法国科学院的报告以及包括《中国皇帝画像及其小传》的长信全都被截留，甚至法国政府给传教士的经费、书籍也被扣下；而在外省传教也因被剥夺了传教士的身份而不被教区接纳，很难开展工作。

康熙的信任与奖赏

　　法国科学传教团最终能在中国立足，并在科学考察、传教方面都能有所突破，同康熙皇帝的大力支持有直接关系。康熙帝不理会所谓的宣誓问题，亲自接见了这些法国神父。精通数学的张诚和白晋被留在京城，洪若翰等3人则到南京、山西等地进行科考、传教，“由是驻华之法国教会遂以成立”，张诚就成为在华的第一任法国传教区会长。在康熙帝的支持下，白晋、张诚还在皇宫内建立了“药物实验室”，“进行各种欧式治疗法”试验。

　　此后不久，回京的洪若翰、刘应因用“金鸡纳霜”(奎宁)治愈了康熙帝的疟疾而得到皇帝的封赏，康熙帝把皇城内的一处住宅赐给了法国神父。但是北京的耶稣会负责人徐日升却认为御赐的住宅是给所有在北京的耶稣会士，并非专赐予法国传教士。但是按照康熙帝的意愿

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