“尊主权”、“一号令”的关键在于克治明朝权力机构运行不畅的痼疾。明初洪武年间，废中书省，不设丞相，由皇帝直接掌管六部。虽然后来内阁首辅权势渐重，但六部和负责稽察六部的六科均绕过内阁直接向皇帝负责。而皇帝处理政务则倚重宦官，由司礼监掌理章奏文书，甚至代皇帝朱笔批红。明中后期诸帝多“帘远高堂，君门万里”（赵翼：《陔余丛考》卷18），尤其嘉靖后期，“政务偷玩，事无统纪”，朝廷诏旨被视为故纸，来往公文多至沉埋，统治机构几乎陷入瘫痪。

　　针对这种机构窒碍不通的积弊，张居正力主“天下之本在政府”（《书牍》15），开始大力强化内阁事权，由内阁通过六科、都察院控制六部，而各省抚按则听命于六部，最终从中央到地方各级机构都受内阁节制，从而加强中央集权，使内阁成为推行变法的中枢。为排除宦官干政，他告诫冯保“裁抑其党，毋与六部事”（《明史·张居正传》），从组织机构上保证事权归一，政令畅通。

　　为了破除无所事事、坐啸画诺、命令不行的官场沉疴，张居正于万历元年创设颁行考成法以责吏治，即由各部衙制定一式三份收发文簿，分别留部作底本，送六科备注，交内阁查考，据其道途远近、事情缓急，“定程限，立文簿，月终注销。抚按稽迟者，部院举之；部院容隐欺蔽者，六科举之；六科不觉察，则阁臣举之。月有考，岁有稽”（《明纪》卷39），据此“考其勤惰”，决定赏罚升降。此法一行，立见成效。

　　张居正的政治改革，通过整顿机构形成高度集权而又层叠有序的行政系统，并建立起相应的稽察问责机制，确保官僚机器高效运行，在一些重要的方面已初具现代社会行政体制的特点。如傅维麟《明书》所赞扬的，虽“万里之外，朝下而夕奉行，如疾雷迅风，无所不披靡”。

二、边防新政：外示羁縻，内修守备

　　明中后期中国进入新的一轮寒冷期，等温线南移，明朝与北方游牧民族冲突加剧。明廷边防破败，“壕浅墙卑”，“频年寇犯如蹈坦途”（《明经世文编》卷252），致使“父子夫妻不能相得，膏腴之地弃而不耕，屯田荒芜，……而帑储竭于供亿，士马罢于调遣，中原亦且敝矣”（《隆庆实录》卷59）。蒙古方面则因明“各边不许开市，衣用全无”，又兼明边军不时纵火焚烧牧场，“边外野草尽烧，冬春人畜难过”，可谓两败俱伤。

　　长期以来，明朝面对北方游牧民族出没无常的袭扰一筹莫展。嘉靖年间兵部尚书刘焘便称“我散而守，彼聚而攻，虽称十万之众，当锋不过三千人，一营失守，则二十二营俱为无用之兵；十里溃防，则二千余里尽为难守之地”（《刘带川边防议》）。论者甚至抨击构筑边墙“殆所谓运府库之财，以填庐山之壑，百劳而无一益”（陈建：《治安要议》卷6）。

　　张居正入阁之后，大力推行“外示羁縻，内修守备”（《明通鉴》卷65）的边防新

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