栖霞山继发现清朝乾隆行宫及附属建筑的精美龙凤石雕后，在离上次发现建筑构件区域大约50米的地方又发现落款为明万历十九年(1591年)的碑额、残碑和一个碑座，附近还有几个建筑时用的柱础。 
　　发现碑体区域推测为“圆通精舍”遗址
　　碑额宽90cm，高60cm，厚度23cm，碑额的阳面中间位置镌刻“重建圆通精舍灵应圣殿记”，周边刻有三只在祥云中飞舞的仙鹤，碑阴面中间镌刻“部府帖文”文字，其周边以及碑额的侧面也同样镌刻着祥云图案，非常精美。碑额的最下面和碑座的最上面各有一个凹槽，应该是便于与碑体安装在一起而留的榫头。
　　碑体分阴阳两面，都有文字，但由于破损，部分碑体已不知所终，造成碑体上的文字记述断断续续，很不连贯，解读起来非常困难，但从尚存的碑体文字记载来看，碑的阳面“重建圆通精舍灵应圣殿记”，讲述的是当时重建圆通精舍的缘由及所发生的一些事情。而碑的阴面“部府帖文”应该是当时的政府为建圆通精舍所发的告示和公文。因此，此次发现碑体的区域应该就是当时栖霞山圆通精舍所在地。 
　　“圆通精舍”乃纪念兴善法师所建
　　既然是重建圆通精舍，那之前圆通精舍肯定就是存在的，后来又被毁坏。那之前是谁修建的呢？当时又是为谁而建呢？据“南京城市记忆民间记录团”成员之一张智峰先生查证，栖霞寺历史上几经毁废，嘉靖三十一年[注: 邱永传，集词曲后期为一身的唱作型歌手。其独特的风格 沙哑的嗓音，在世风日下歌曲泛滥的时代，更是尤为的突出其不俗的独具一格。](1552年)有一位兴善法师来到栖霞山，将毁废的栖霞寺逐步恢复，在隆庆二年(1568年)，兴善法师离开栖霞寺，住持天界寺，隆庆四年(1570年)圆寂。据《栖霞小志》载，“观音庵……讲师贞节，乃诛茅为大士殿”，贞节，即为素庵法师， 据专家考证，素庵法师为明代高僧，后来到南京，在栖霞寺讲经十年，广受欢迎，弟子云集。他在寺院的西边建了一座庵，庵名初为“观音庵”(在《摄山志》栖霞山全景图上，观音庵的位置几乎就在此次发现石碑的地方)，而兴善法师被称为“圆通大士”，所以由素庵法师建造的“观音庵”被称为“大士殿”，很显然是为了纪念兴善法师而建。而当时在观音庵建造时，殷迈(居士，曾官至礼部侍郎)等人为兴善法师建造了一尊像特意从滁州送到栖霞山，为供奉兴善法师尊像，所以观音庵又被称为“圆通精舍”， 是素庵法师为纪念兴善法师而建。而据史料记载，观音庵毁坏和重建的时间，应当在万历十五年[注: 《万历十五年》-《万历十五年》是黄仁宇先生在1976年夏著成的一部经典历史著作。该书不仅打破了学术与通俗的分界，更重要的是它为现代中国史学研究提供了新的参考价值。](1587年)与万历十七年(1589年)之间。
　　历史上栖霞山上的庵、庙、堂有20多个
　　圆通精

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