《野叟曝言》的版本主要有二：一为光绪辛巳（七年）毗陵汇珍楼刊活字本（以下简称“甲本”），一为光绪八年申报馆排印本（以下简称“乙本”）。两个版本的主要区别是：甲本为二十卷一百五十二回，且多有残缺；乙本则为二十卷一百五十四回，不惟多出二回，亦且无一缺损。关于甲本与乙本的关系，学界向无歧义，一般都认为甲本是原本，而乙本则出于他人的增补。早在光绪丁未（1907），《小说林》载蛮所撰之《小说小话》，即谓《野叟曝言》“原缺数回，不知何人补全，先后词气多不贯。”1923年，鲁迅在《中国小说史略》中谈到《野叟曝言》的版本时也说：“……迨印行时，已小有缺失，一本独全，疑他人补足之。”尔后，孙楷第1932年在《中国通俗小说书目》卷四《野叟曝言》条下亦指光绪八年本“序自谓足本，然实是增补本”。赵景深1937年在《野叟曝言作者夏二铭年谱》中也认为：“《野叟曝言》自以光绪七年毗陵汇珍楼活字本一百五十二回为可靠，惟缺第一百三十二、三、四、五回，第一百三十六回‘亦仅存末幅及评’。光绪八年申报馆本虽较多两回，且缺失皆已补完，恐是增补本，所增补的部分，不—定是夏敬渠的原作。”（《中国小说丛考》，齐鲁书社1980年版）持此说者虽众，然皆是推测之词，除《小说小话》“先后词气多不贯”一条外，基本上未作论证。就中鲁迅据以介绍作者生平的材料，恰是引用了乙本中的西岷山樵序，如以西岷山樵之序为信史，就不该得出“他人补足”的结论。总之，《野叟曝言》的版本问题，关系到如何认识作品的原貌，从而在此基础上对作品进行科学研究的问题，故仍需重新予以过细的辨析。
汇珍楼活字本（甲本）刊于光绪七年（1881）冬月，首知不足斋主人序，序中说：“……惜原本残阙，有名太史某公，才名溢海内，拟为补之，终以才力不及而止，则此书之奇可知已。近有某先生者，邃于宋学，谓此书足资观感，欲为付梓，集资甫成，遭乱而辍。兵燹后传本愈鲜，残失愈多，予自维才谫，何敢续貂，姑搜辑旧本之最完者，缮付剞劂。普天下才人倘有能续而完之者乎？予将瓣香祝之矣。”甲本又有凡例六条，其五云：“此书因有缺失，从未刊刻，兵燹后抄本又多遗阙，恐灭没无传，有负作者苦心，故特觅旧本，集腋成裘，勉力付梓。”其六云：“缺处仍依原本注明下缺，不敢妄增一字，贻笑大方。乃阅者不免以未睹全书为憾；然终无可搜罗，姑为刊出，以俟高才补续。”《野叟曝言》自乾隆年间成书之后，一百几十年中惟以抄本流传，年深月久，加之兵燹战乱，至光绪七年付梓时，传本已经很少，而且残缺十分严重，从而造成了“终无可搜罗”的状况；加之作序者又一再呼唤“高才补续”，所以当将甲本所有缺失一一弥补完足的乙本出版之后，人们就自然而然地把它当作他人的增补本了。
但是，从甲本的序与凡例看，《野叟曝言》的传本至光绪年间虽然已经甚少，但尚不曾变成孤本，刊行者方得“搜辑旧本之最完者”、“集腋成裘”。甲本的最大长处在于它对底本的高度忠实，它不仅“不敢妄增一字”，而且在底本的“缺处仍依原本注明下缺”。这种严肃的态度，使得我们对于《野叟曝言》版本的研究，获得了充分的便利。
甲本的残缺，大抵有四种情况：一、整回的缺失。第一百三十二回回次下注：“已下四回，原稿全缺，只录卷数回目，姑俟觅得完璧补梓。”也就是说，甲本第一百三十二回，一百三十三回，一百三十四回，一百三十五回共四回，只存卷数与回目，正文皆缺。
二、回末与回首的残缺。回末残缺的有第二回（下注：“下有发水，覆舟、救姑、控龙、擒怪、宿庙、结妹、逢凶、截僧、烧寺、破墙、放女等事，世无全稿，祗仍原缺。”）、第二十九回（下注：“下少几页，是原缺。”）、第一百三十回（下注：“此下缺二十八行”）、第一百三十一回（下注：“下缺一页并评”）、第一百三十八回（下注：“下有缺”）等。回首残缺的有第三回（回目下注：“回首有缺”）、第十一回（回目下注：“照原缺”）、第七十六回（回次下注：“迭去首半页”）、第八十四回（回次下注：“此回前有缺页”）、第一百三十六回（回次下注：“此回亦仅有末幅与评”）、第一百四十回（回次下注：“回首亦缺”）等。第一百三十九回则首尾俱缺（回次下拄：“首尾悉属原缺”）。
三、正文中间的残缺。这又有两种情况。一为成段的缺失，如第三回正文“鸾吹道：“这真是鬼使神着……”（下注：“内有缺文”），第一百七十回正文“宫人日夜辛苦，也都伏在景王床边打盹，忽地觉有响动，睁开眼来……”（下注：“原缺半页”）等，一为句中文字的缺蚀，如萋五十九回正文“湘灵忽地笑得打跌，说道：‘奴却真有计较（下注：“缺四字”）得了夫荣妻贵的采头，行令又遇着洞房（下注：“缺十字”）抢红，那个抢的多，就是新郎，馀人做（下注：“缺十三字”）归洞房”等。
四、回后总评的残缺。如第六十五回，在“总评”二宇下注： “仍原缺”，第一百二十一回末注：“下缺一页并评”。第六十六回、六十七回、六十八回等则无总评，又不注明缺失。第四十回总评末条未完，下注：“以下遭失”等。
总之，甲本缺失的情况是极为严重的，尽管甲本的搜辑刊行者已经作出了最大的努力，最终还是发出了“无可搜罗”的哀叹。面对把甲本所有缺失一一补足了的乙本，人们有理由首先审查一下它的来历，而不能采取轻信的态度。
关于这一点，乙本卷首光绪八年西岷山樵序作了详尽的介绍：康熙中，先五世祖韬叟宦游江浙间，获交江阴夏先生。……先生亦幸订交于先祖，屏绝进取，壹意著书。阅数载，出《野叟曝言》二十卷以示，先祖始识先生之底蕴，于学无所不精，亟请付梓。先生辞曰：士生盛世，不得以文章经济显于时，犹将以经济家之言上鸣国家之盛，以与得志行道诸公相印证，是书托于有明，穷极宦官权相妖僧道之祸，言多不祥，非所以鸣盛也。先祖颔之，因请为评注，先生许可，乃乘便缮副本藏诸箧中，先生不知也。先生既没，先祖解组归蜀，风雨之夕，出卷展读，如对亡友。尝渭曾祖光禄公曰：尔曹识之，承夏先生之志，慎勿刻也。自是什袭者又百有馀年矣。乃今夏六月，余友程子白海上购得此书，以予好读奇书，持以相赠，不觉大诧。余友为述刻书之由，始知是书成于吴中书贾，而出之者，夏先生之后人也。然已缺失十一，不若吾家副本之全。余惟夏先生之为人著述震海内，传世之文当非一种，是书抒写愤懑，寄托深远，诚不得志于时者之言，故深自秘靳而不欲问世。今则去先生之世已远，无所忌讳；其后嗣既出其书，徒以兵燹剥蚀，使海内才人，皆有抱残守缺之憾，则将以是书知先生而不足以尽知先生，并无以知余祖与先生之交及当日慎重勿刻之意矣。夫后世不以是知先生，先生亦不以是书见知均之已矣；既以是知而仍无异乎勿知，则亦非吾祖之所乐也。爰出全书以付余友，达诸海上之刊是书者，亟谋开雕，俾读者快腈其全，并述藏书之由，以告夏先生之达人，证二百年前之交契云。
此序将乙本的来龙去脉交代得一清二楚，殊无牵强造作之意。据此序，可知乙本为《野叟曝言》原本之副本，出诸西岷山樵五世祖韬叟。韬叟不光是《野叟曝言》副本的缮写收藏者，而且是此书的评注者。如果此序所述诸事得以证实，无论对于研究夏敬渠的生平思想还是研究《野叟曝言》的艺术成就，都是极有价值的。
现在，让我们试着从以下几个方面，对甲本与乙本的关系，作一番具体深入的考察，从而求得实事求是的科学结论。
第一，关于乙本所多出的二回的考察。
乙本与甲本相比，最大的特点还不是将其缺失者一一补完，而是多出了两回。甲本共一百五十二回，乙本却是一百五十四回。乙本是不是后人的“增补”，由此入手，最易寻出充足的证据。
应该引起注意的是：乙本所多出的两回，既不在全书之尾，如一般之续书然，亦不在全书之首，如冯梦龙之“增补”《新平妖传》然，而是在甲本第二回之后、第三回之前，插入了二回，如《水浒全传》之“插增”田王二传。按甲本第二回“看花色眼急雨淋瓠子之头，挥麈雄谈冷水浇葫芦之背”末叙文素臣驳和光和尚“使我佛稍有欠缺，此教便应久灭，何以万古长存”之论道：“……历考从前，固尝一灭于魏，再灭于宇文，三灭于周武帝，尽毁佛祠，世宗毁像铸钱，魏主则讳杀沙门，至无一存者，其时牟尼三世等佛，何以并没神通……”甲本至此中断，另行谓：
下有发水覆舟救妹控龙擒怪宿庙结妹逢凶截僧烧寺破墙放女等事世无全稿只仍原缺
甲本第三回下注：
“回首有缺”，正文起始为：“……复看众妇女时，虽也有几分姿色，比着鸾吹主婢、璇姑姑嫂，竞有天渊之隔了。”据甲本的格局，其所缺失者，仅为第二回之末与第三回之首。按甲本版式为半叶十行，每行二十八字，每回的篇幅约在十五页左右，计八千四五百字，其第二回已有十页，第三回亦余七页，二回之间所缺，当在七八千字，要在这极为有限的篇幅内，包囊上述“发水、覆舟、救妹、控龙、擒怪、宿庙、结妹、逢凶、截僧、烧寺、破墙、救女等事”，是完全不可能的。而乙本恰是在补出了甲本二回的全稿之外，另列了两个回目：
第三回只手扼游龙暗破贼坟风水寻声起涸鲋惊回弱女余生
第四回异姓结同怀古庙烘衣情话絮邪谋蛊贞女禅堂掷炬秃贼惊
再将甲本之第三回易为第五回，余类推，以后各回回目亦全同，则全书共得一百五十四回。
那么，有什么证据说明乙本第三回、第四回是原本所有、而非他人所添加的呢？
证据之一：甲本第七回回后“总评”有这样一段话：书之命名至八十七回始出，八回之春风晓日图其蒿矢也，故以系在裤带，及“见巾如见奴”等语，隐示轻亵，不足当命名之意。
此为第七回的评语，怎么会牵扯到第八回的情节呢？再查甲本，恰在第六回“非雨非云绝胜巫山好梦，画天画地恍图周髀遗经”中，有如下的描述：……璇姑亦寻出一条白绫巾，上面绣着晓日瞳龙、杨柳披拂之势，题着一行小字曰：“春风晓日图”。系在素臣裤带之上，垂泪道：“见巾如见奴也。”
这里明明是第六回的情节，总评何以说是“八回之春风晓日图”呢？按诸乙本，“春风晓日图”事恰在第八回，而上述甲本第七回的总评，正为乙本第九回。以第九回之总评，评及第八回的情节，不是再合逻辑不过的吗？由此可证，乙本第三、四两回确为《野叟曝言》原本所固有，甲本在“缮付欹劂”时，因第三、四回正文并回目皆失，遂将第五回的残稿改为第三回，直接第二回残稿之后，以致全书仅剩一百五十二回。
证据之二：甲本第八十回“总评”云：第三回千里大山忽而飞来者，旋复飞去，令人积疑即闷。至十二回之后，乃始得见其一峰一岫。直至此回，忽于无意中勘问褚宗，竟使全山俱见。连连丧败，云气消没，术士飘然，知机托敌：素臣初出茅庐之功，至于如此，不亦快哉。
这一总评比较费解，需结合全书的情节方能分析明白。此回叙文素臣擒获靳直部将褚宗，褚宗招道：“他家祖坟葬着龙穴，那年西湖发水，后山人亲见他坟内发起金龙，祖宗上天，子孙就该发迹，却反连连丧败，坟山上五色云气也没有了。望气的术士原许他做皇帝，后便飘然而去，可见是不能成事的。也有见几之人，托故辞去。”夹批：“龙穴一段，较叶豪之说更详，素臣初出茅庐之功，亦愈著明。”总评所说之“千里大山”，是喻指文素臣那年在西湖扼游龙破靳坟风水事在全书结构中的作用。查甲本第三回为“灯花发火荼毒两个淫僧，虎足从风结识一条好汉”，绝无破风水的影子，而乙本第三回恰是“只手扼游龙暗破贼坟风水”。此回写道：“北山云势黑阵阵直拥而上，雨点愈密，一股腥风裹紧云头，东穿西扑。隐隐望见鳞爪飞舞……看那龙时，蜿蜒夭矫，全身却现，忽然张牙舞爪，直奔素臣头上”。素臣与龙相搏，以神力勘断龙尾之后：“那龙已不知去向。仰视天空，黑气也渐渐淡薄，雨势也渐渐收过大半”。此龙“忽而飞来，旋复飞去”，竟毫不交代其来龙去脉，纵使回中也写了老者关于“靳公公家葬坟，请遍有名风水，说这穴是真龙潜伏，只怕被文曲星破掉”的话，还是“令人积疑即闷”。总评又说：“至十二回之后，乃始得见其一峰
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