其次是西方近代人种说。章太炎在人类起源问题上吸取了福格特的多祖论。德国人类学家福格特的观点是：东西两半球之人种分别起源于两种猿类，东半球人起源于东半球之高等猿，西半球人起源于西半球之高等猿，因此，东西人种的肢体脑骨各不相同。福格特的这一观点遭到达尔文的驳斥。达尔文认为全世界的人类起源于非洲大陆的一种古猿，因为非洲有大猩猩和黑猩猩极相近之灭绝猿类所居，此两种猩猩为现今与人类最相近之种族，故人类祖先曾居住非洲大陆，似较别处更为合理。但章太炎却很赞同福格特的观点。他在《菌说》修改稿上指出，达尔文的一祖论不能圆满解释人类生存的环境及人类形成文明与野蛮差异的原因。然后，他以多祖说为依据，来阐明自己的观点：一者说明中国自古华夏民族与其他民族之祖先各不相同，二者说明华夏民族与其他民族有文化上的“优劣”差别，这样就能说明汉族在中国历史上的“正统”地位，以与他的反清革命理论相契合。

章太炎因为资产阶级革命的需要而利用民族主义，使他萌发和接受了最原初的民族主义思想，即种族主义或族类主义思想。但是，这种种族和族类思想对现代中国民族主义的产生提供了不小的助力，章太炎等许多人正是通过这些传统资源进而理解并接受现代民族主义的。章太炎等革命派人士的终极目标是要建立近代民族国家，所以随着革命的发展，章太炎的种族复仇主义逐渐有所克服。他认识到，民族主义思想是民族压迫的产物，民族主义的提出是为了消除民族压迫，而不是要进行种族复仇。章太炎在《定复仇之是非》中说：“夫排满洲即排强种矣，排清主即排强权矣。”他后来在1911年10月写的《致留日满洲学生书》中又说：“所谓民族革命者，本欲复我主权，勿令他人攘夺也耳，非欲屠夷满族，使无孑遗,效昔日扬州十日之为也

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