迨至明初，倭乱寇盗迭起，朱元璋下令“尽徙屿民，废巡检，而墟其地。”[5]澎湖渐成海上武装集团出没之地，亦为贫苦农民流寓之所：“后内地苦徭役，往往逃于其中，而同安、漳州之民为最多。”[6]嘉靖四十二年（1563年）俞大猷追击海酋林道乾至澎湖，并“留偏师驻澎瑚，时哨鹿耳门外。”[7]万历二十五年（1597年）鉴于东南倭乱与日人侵扰，防兵重返澎湖，并正式设置游兵，隶福建南路参将澎湖游击，驻厦门以遥领之。翌年增为二游，领兵935名；并规定春讯于清明前10日出，三个月收兵：冬汛则于霜降前10日出，二个月收兵归营。海禁渐弛，百业复兴，崇祯初年岛上己有五、六千人口，“濒海之民，以渔为业，其采捕于澎湖、北港之间者，岁无虑数十百艘。”[8] 

明朝指挥唐垣京著《澎湖要览》也从另一个角度追述了历代人士对澎湖的考察和开发：“彭湖，考之《图经》，系琉球山川，在东南大浸中，地界泉、漳、兴、福，其去内地也，埒于琉球。隋开皇中，遣虎贲陈棱师过其地，虏男女数百人而还。洪武五年，以居民叛服不常，遂大出兵，驱其大族，徙置漳泉间。今蚶江诸处，犹有遗民焉。山之所产，惟山猪、老鼠、花蛇、蜈蚣。菜则芥菜，高五六尺。花则茉莉，其英百叶，其香扑鼻。草则藤蔓，可取为烧洗兵舡之用。药则天门冬、山茨菇、蒺藜子、白芥子，其最佳者。山猪之型，无异

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