康熙十六年九月，玄烨以翰林院侍讲学士张英等“每日进讲，启导朕心，甚有裨益”[41]，而“近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对”为由，下令在“翰林内选择二员，常侍左右，讲究文义”[42]，并“简侍讲学士张英、中书高士奇等入直，以备顾问”[43]。这样，南书房也成了“内廷词臣直庐之处”[44]，此后，南书房的作用虽然继续为皇帝讲经读史，唱和诗文，探讨“圣贤义理”，但已有了为皇帝拟进谕旨、讲求治道的*功能。南书房这一性质的演变，实际上使皇帝收权于议政王大臣会议，议政王大臣会议和内阁均无权反对南书房的指令，这样皇权在康熙年间又得到了进一步的集中。
雍正年间的军机处，继承了康熙年间南书房的*职能。
雍正初年，由于清廷与准噶尔部作战，为了紧急和有效处理西北军务，同时又因内阁在太和门外，“儤直者多，虑漏泄事机”，于是在隆宗门内，设立军需房，选“内阁中书之谨密者入直缮写”。[45]后来，又改军需房为军机房，雍正八年（1730）又易军机房为军机处。军机处虽然不是个公开的机构，但从其作用来看，是个实际的内阁。它的职权主要是：
第一，军机处直接发布命令，指挥一切。举凡军事、政务、财政、教育以及编纂“方略”等，均由军机处综理。例如，“方略”，就是“军略”，每次军功告蒇，及遇有政事之大者，军机处都要奉旨纂辑成书，纪其始末，或曰方略，或曰纪略，都由方略馆承办，军机大臣兼任该馆总裁。[46]
第二，军机处以军事为主，置政务于其下，实际上取消了内阁，由军机处取而代之。康熙时期，虽赋予南书房以*职能，而机要事务仍属内阁。“雍正以来，本章归内阁，机务及用兵皆军机大臣承旨。天子无日不与大臣相见，无论宦寺不得参，即承旨诸大臣，亦祗供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间也。”[47]无论军事、*诸大权，均由皇帝最后裁决。
由上述军机处的职权可以看出，清代的军机处相当于明内阁，但由于清朝皇权最为集中，最为专制，所以军机处的权力又远远地超过了明朝的内阁。
清代皇帝下的谕旨主要有两种：一是明发，即公开文书。这要交给内阁发出。明发谕旨一般说来都不重要
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