瘟疫发作后，一旦政府救助不能及时到位，管理控制不当或不力，就会导致严重的人祸。如成化十二年(1476年)，福建延平府“疫疠之余，盗复窃发”（《明宪宗宝训》）；嘉靖三十三年，京师在水旱疾疫之后，“民力困竭，物价腾踊，商人畏买办之艰，车户病载运之苦，往往毁家鬻具以逃，闾井萧然。”（《明世宗实录》）崇祯末年，太湖流域瘟疫盛行，物价飞涨，一枚鸭卵贵至二十三四文，骇人听闻。一些市井无赖乘机强敛民财，“以唱戏媚神，就中侵渔自肥，殊可痛恶。”（《崇祯记闻录》）

当时，如瘟疫在军营中流行，会一定程度上延误明朝的军事行动，甚至导致其由主动变为被动乃至溃败。如嘉靖三十三年，明军包围了太仓州南沙岛上的倭寇，并作好了围歼计划，但因军中疫病爆发，只得放弃包围，使倭寇得以逃窜，转掠苏州、松州等地。天启三年(1623年)，明军在平定奢寅叛乱时，因大疫降临，只能“分布各将据险固守，相机擒剿，迟速殊难豫定”（《明熹宗实录》卷36）。崇祯八年(1635年)，总兵尤世威统兵防守潼关、朱阳关等隘口，“露宿凡十旬，皆患疫疠不能军，闯贼大至，遂溃。”（《烈皇小识》）时人计六奇在《明季北略》中言，明末“民怨天怒，饥疫频仍，同类结合，人死如乱麻，于是李自成起而乘之”。将“天灾流行”看成是明亡的四大因素之一，是有一定道理的。

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