“南京人”奇就奇在南京直立人1号头骨有着高耸的鼻梁，这与现在的中国人长相有着很大的区别。“南京人”到底有没有古欧洲人的部分基因？成了学术界僵持不下的争论，这一争论从2002年开始，至今没有停止。

以吴新智和吴汝康院士为代表的一派观点认为，形成“南京人”高鼻梁的原因很可能是与欧洲人有过基因交流的结果，有西方血统。而另一派观点以张银运等人为代表，他们认为是寒冷的气候形成了“南京人”的高鼻梁。争论的双方多年来持续发表论文支持自己的观点，但到目前为止，仍无定论。