在内蒙古自治区赤峰市，考古人员对有着8000多年历史的敖汉旗兴隆洼遗址进行了近10次考古挖掘。他们在这里发现了粟和黍以及世界上最早的玉器。黍的发现为世界上悬而未决的黍的起源地提供了线索，而玉器的发现也拉近了该地区与文明的距离。

在河南省舞阳县北舞渡镇西南，有一泓静谧的水域叫贾湖。载入史册的贾湖骨笛就是以此地命名的。2001年4月，考古人员在对遗址进行第七次发掘时发现了一支二孔骨笛。它呈棕黄色，两端刻有规则的菱形花纹，花纹细如发丝。经碳14测定，这支骨笛被认定为9000年前的物件，是迄今为止世界考古界发现的最早的二孔骨笛，证明了早在新石器时代早期这里就已经创造了发达的音乐文明。

还有山西陶寺遗址，已经出土的千余座墓葬呈现出了典型的金字塔式结构，阶级社会的特征十分明显，比如约90%的墓葬里只有一个人，没有任何随葬品；另有不到10%的墓葬里有几十件随葬品；在不到1%的大墓里，不但有棺材，而且随葬品多达上百件，其中还有像龙纹盘、鼍鼓、石磬等贵重物品。

这里还发现了世界上最早的天文观象建筑。据记载，尧测定了一年的天数、二十四节令和四季。《尚书·尧典》就有“期三百有六旬有六日”等历法的记载。这些历法不会凭空而来，陶寺观象台的发现印证了文献所记载的“历象日月星辰，敬授人时”的真实历史，这表明该区域可能率先出现了早期国家。

还有2007年在长江流域下游发现的距今4300年的古城，这个古城被认为是新石器时期(距今4000到5300年之间)良渚文化的一部分。北京大学教授严文明认为，这个古城可能是良渚王国的首都。如果这个推断成立，那么良渚文化就不仅仅是史前文化，它将有可能成为中国的一个朝代，并且早于夏代。

王巍一直认同已故考古学家苏秉琦先生在上世纪90年代提出的“满天星斗”说，即在距今6000年左右，从辽西到良渚，中华大地的文明火花如满天星斗一样璀璨。在甘青地区有齐家文化系统，在辽西地区有红山文化系统，在海岱地区有龙山文化系统，在长江中游地区有石家河文化系统，在长江下游地区有良渚文化系统，在中原地区有仰韶文化系统。这些文化系统各有其根源，都创造出了灿烂的文化。

文明探源工程第二阶段把公元前3500年作为研究的起点，王巍说，就是考虑到那个时段中原地区已经出现了比较明显的社会复杂化倾向，同时，在淮河流域、长江中下游、西辽河流域也都开始了这个进程，出现了等级或阶级分化，早期中国文明在这时已经

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