由儒学传入日本，经奈良时代（710年—794年）到平安时代（794年—1192年）为日本早期儒学，具有经验实用伦理型特征。12世纪末，日本进入武士掌握中央政权的阶段。他们利用、吸收儒学中的忠、勇、信、义、礼、廉、耻伦理道德观念，作为武士道的重要理念。由于武士出入于生死之门，禅宗的生死如一，立地成佛适合了他们的精神需要。

　　镰仓幕府中叶，中日两国禅僧在互相交往中，在传播禅学的同时，把宋学的张载、程颢、程颐、朱熹的着作也带到日本，在镰仓“五山”和京都“五山”中（五山文化是日本中世独特文化，五山即五座寺庙。镰仓“五山”指镰仓幕府北条时代的建长寺、圆觉寺、寿福寺、净智寺和净妙寺；京都“五山”指室町时代员利氏将军在京都建的南禅寺、天龙寺、相国寺、建仁寺和东福寺），同时讲授禅学和儒学，主张儒禅和合。禅僧俊芿到宋朝学习天台、禅、律及《四书》，1211年回国时携中国书籍约2000余卷，儒学约256卷。临济宗僧人雪村有梅、中岩圆月等都主张融合儒禅，《东海一沤集》卷四《中正子内篇之三·戒定慧篇》中说：“治世出世之教虽异，其于心之得失则均矣”。室町时代，儒学由“五山”走向世间，形成了博士公卿学派，用朱子新注教授儒学，被称为“第一程朱学者”的一条兼良，着有《四书童子训》，是日本最早的《四书集注讲义》。萨南学派创始人桂庵玄树吸收歧阳方秀和训方法，改进了“四书和训”。汉籍训读法不仅能使一般人大致了解文本意思，也使汉文化得以普及。海南学派创始者南村梅轩传播程朱道学，以存心、谨言、笃行为修为功夫。从镰仓到室町，儒佛融合，儒借佛而发展，特别是宋学由“五山”而得以传播，而至推广，为德川幕府时代的独立发展奠定了基础。

朱子的权威地位

德川家康在平定战乱后，为巩固统一，严守尊卑，加强思想教化，宋学的朱子学比之禅学更适应了这种需要。朱子学在德川氏的尊崇下，而具有意识形态的权威性。藤原惺窝及其弟子林罗山、松永尺五等人是德川幕府初传播和普及朱子学贡献最大者。林罗山师从日本朱子学的开创者藤原惺窝，历任德川四代将军文教官员，协助制定法律制度，起草外交文书，建造了私塾“昌平璜”，成为官方儒学教育场所。他排佛，亦排耶稣。他以智仁勇比附神道教的三种神器，主神儒合一。此后，儒学在日本迎来了鼎盛期。朱子学、阳明学形成不同学派。贝原益轩（1630年—1714年）推崇朱子学，他依朱子“大疑则可大进”之意，而具有批判、怀疑精神，使日本朱子学趋向经验合理主义。他以“理气合一”论批评朱熹“理一元”论，以“格物穷理”说接引西方近代自然科学。新井臼石（1657年—1725年）发扬朱子穷理精神，研究历史，追求历史演变真相，着《读史余论》、《古史通》、《史疑》、《西洋纪闻》等。他给德川家宣讲授《四书》、《近思录》、《书经》、《诗经》和《通鉴纲目》等。

江户时，大阪是最大商业中心，形成以“怀德堂”为中心的大阪朱子学派。三宅后庵和中井甃庵创始，尊信朱子，批判鬼神，尊王贱霸，兼收诸家。其子中井竹山长于历史，中井履轩专研经学，着有《七经雕题》和《七经逢原》等，由于倡导自由的学术研究之风，大阪朱子学得以繁荣。

　　贝原益轩等的思想特点为客体经验朱子学，山崎闇斋则把朱子学向内转为道德化、神学化。他尊奉朱子，视朱子为孔子以来第一人，犹如宗教教主，批判陆王，排斥佛教，以祖述朱子学为宗旨；提倡心身相即，“敬义夹持，出入无悖”的躬身笃行精神；建构“垂加神道”，以儒学来附会日本神统神国思想，以阴阳五行比附七代天神等，把儒学神学化。其弟子佐藤直方、浅见絅斋、三宅尚斋为“崎门三杰”，他们共同严肃尊崇朱子学，不同意闇斋的“垂加神道”说。佐藤直方主张“以理制气”，不为气曲

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