明、清两均建都北京，对元朝大运河进行了扩建。明代整通惠河闸坝，恢复通航；1411年扩建改造会通河，引汶水人南旺湖，利用南旺湖地势主的有利地形，修建南旺水柜，十分之七的水北流，十分之三的水南流，解决了会通河水源问题，并增建船闸至51座。为使运河免受黄河泛滥的影响和避开360里的黄河航程，明朝先后在1528～1567年和1595～1605年，自今山东济宁南阳镇以南的南四湖东相继开河440里，使原经沛，除州入黄河的原泗水运河路线（今南四湖西线），改道为经夏镇、韩庄、台儿庄到县入黄河的今南四湖东线，即韩庄运河线。此外，为保障运河通航安全，还修建了洪泽湖大堤和高邮湖一带的运河西堤，并在运河东堤建平水闸，以调节运河水位。清朝于1681～1688年，在黄河东测，约由今骆马湖以北至淮阴开中河、皂河近200里，北接韩庄运河，南接今里运河，从而使运河路线完全与黄河河道分开。明清两代规定运河漕的载重量为400石。明朝漕船载重吃水不得超过3尺，年漕运量约400万石。清代规定漕船载重吃水不得超过3尺5寸，年漕运量约400万石。
1855年，黄河在河南省铜瓦厢决口北徙，在山东省夺大清河入海，大运河全线南北断航，清朝后期和是华民国时期，曾几度倡议治理运河，但均未付诸实施。
中华人民共和国成立后，于1953年和1957年兴建江阴船闸和杨柳青、宿迁千吨级船闸，开始了对古老的大运河的部分恢复和扩建工作。1959
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