《泗州志》曾道出泗州城即将被淹没时的情形：坐在船里的百姓可以摸到城墙上端的砖，官员们则在防洪堤上办公，也有些百姓甚至抱着浮木以逃到河对面的山上。
　　南京博物院考古研究所所长林留根说，古泗州城的整体设计呈现龟形，是很特殊的“龟相城”，古人戏称这是龟能浮水，是一种吉祥的寓意。然而，兴盛与衰败未必贴合人意，古泗州城终究因水而兴，因水而亡。如今，又因水得以完整保存下来。
　　龟形寓福 因水兴衰
　　“古人择址改造环境的能力相对较弱，而泗州城当时所处的位置虽然常有水患，却是四方经济往来的交汇地，处于南北大运河和淮河的交叉口，因此依旧成为一座重要的都市。”南京博物院考古研究所所长、泗州城考古队队长林留根告诉记者。 
　　史学专家考证，泗州城曾为中原之襟喉、南北交通之要冲，是古代历史上典型的港口城市[注: 位于江河、湖泊、海洋等水域沿岸，拥有港口并具有水陆交通枢纽职能的城市。-gangkouchengshi]。史书中更是记载道，“天下无事，则为南北行商之所必历；天下有事，则为南北兵家[注: 兵家，古时研究军事问题的学派，指军事家或用兵的人。如：胜败兵家常事，兵家必争之地。-bingjia]之所力争”。它曾经是盛极多时的繁华都市、佛教圣地，被淹没之前繁盛了约900年之久。
　　在其最鼎盛时期，城区有居民9000余户，36000余人，城区房舍密集、交通便利、商贾云集。“古泗州的百年繁华离不开水，然而谁也不曾想到，泗州城却是因水而兴也因水而亡。”林留根说，古城最终被滔天洪水淹没。
　　那么，这座曾经繁华富庶的古城缘何遭受洪水之灾，并深埋于田野之下？林留根告诉记者，唐宋时，大运河是国家的经济动脉，而泗州则是重要的漕运节点，地理[注: 地理（Geography）是研究地球表面的地理环境中各种自然现象和人文现象，以及它们之间相互关系的学科。“地理”一词最早见于中国《易经》。]位置使该地越发富庶繁盛。而到了明代，朱元璋[注: 大明太祖高皇帝（1328年10月21日－1398年6月24日）为大明朝的开国皇帝，姓朱，讳元璋，汉族。是继汉高祖刘邦以来第二位平民出身的君主。]在泗州北门外兴建明祖陵，每逢大祭，天子群臣、皇亲国戚前来祭祀，泗州更是成了皇家“行宫”。
　　然而，1194年黄河夺淮成为泗州城命运的拐点。黄河带来的大量泥沙淤塞了黄淮交界处，导致淮水难以下泄，周边大小湖泊连成一片。到明末，黄河泥沙淤塞京杭大运河，危及朝廷经济命脉，总理河漕的官员采用高筑堤坝抬高淮河和洪泽湖水位的方式，让泥沙沉积后再以急流冲刷黄淮入海水道，保证了京杭大运河畅通无阻。
　　至此，原本的小湖群被连成一体，形成今天的人工湖——洪泽湖，“所以，泗州城和明祖陵成了湖中孤岛。”而到了清代，明代的祖陵已经失去了原有的重要性，泗州城也难免为漕运让路的命运。
　　林留根告诉记者，泗州城的整体布局颇具意味。“在古代地图中，泗州城被画成一个椭圆形，就像一个乌龟壳，这种‘龟相城’比较罕见，古人们戏称这是取龟能浮水之意

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