张居正入阁之后，大力推行“外示羁縻，内修守备”(《明通鉴》卷65)的边防新政，北疆形势迅速改观。

　　“内修守备”的重点是，加强北边防务，提高军事抗衡能力。为此张居正相继起用谭纶、戚继光、王崇古、方逢时、李成梁等著名边将，主持兵部以及蓟镇、宣府、大同、山西、辽东边务，并大力加固增设城防，修筑明长城。长城重点设防地段多用砖石砌筑，内填泥土石块，形制结构也更趋完备合理。

　　对于长城沿线的防守战略，张居正也有一套严密的部署。他要求“蓟人平时将内地各城堡修令坚固”，一旦“贼众溃墙而入，则亦勿遽为怆惶。但令蓟将敛各路之兵四五万人，屯扼要害，令诸县邑屯落皆清野入保，勿与之战。而上谷辽左不必俟命，即各出万人，遣骁将从边外将诸夷老小尽歼之。令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟北，伏于贼所出路。彼贼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢。不过四五日虏气衰矣，衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之。而宣辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。”(《明经世文编》卷327)事实证明，蓟镇敌台筑成后，自居庸关至山海关“二千里声势联结”，“精坚雄壮”。从此“边备修饬，蓟门宴然。继之者踵其成法，数十年得无事”(《明史·戚继光传》)。

　　张居正的“外示羁縻”，一反过往的民族歧视、压迫政策，在“内修守备”的前提下力争改善汉蒙关系，积极加强双方友好往来。隆庆四年(1570年)冬，俺答汗爱孙巴噶奈济因家庭纠纷，愤而出走降明。张居正、王崇古等立即厚礼接纳，并抓住时机，利用鞑靼部的矛盾，力促俺达改弦更张，实现议和。隆庆五年，明廷诏封俺答为顺义王，分别授俺答属下六十五人都督、指挥等官职。双方还议定开放十一处互市市场，最终达成隆庆和议。张居正深谙长城边防与和平交往之间的内在联系。就在达成贡市之后，他仍再三强调“桑土之防，戒备之虑，此自吾之常事，不容一日少懈者。岂以虏之贡不贡而有加损乎！”“威行而后可用恩也”(《明经世文编》卷328)，张居正之所以能实现与北方游牧民族长期和平交往，其中的奥秘即在于此。

　　张居正“外示羁縻，内修守备”的边防新政取得了巨大成功，从此“戎马无南牧之儆，边氓无杀戮之残”，每年“所省征调费不啻百万 ”(瞿九恩：《万历武功录·俺答列传》)，辽阔北疆“九边生齿日繁，守备日固，田野日辟，商贾日通”(《明史·方逢时传》)。汉蒙双方开设官办贡市、关市、马市之外，民市、月市、小市等民间交易也很活跃，长城沿线出现了“塞上物阜民安，商贾辐辏，无异于中原”的兴旺景象(《明经世文编》卷35)。蒙汉双方在长期和平交往中消除隔阂，在思想文化、生活习俗上也互相熏染融合。蒙古族渐习汉风，如历配三王、掌兵柄、主贡市的“忠顺夫人”三娘子生平十分钦慕中原文明，竟至“每于佛前忏悔，求再生当居中华”(诸葛元声：《两朝平攘录》卷1)。