明清时期，佛教和道教日益走向世俗化、民间化，民间秘密宗教就是佛、道世俗化、民间化的产物，许多民间秘密教派，就是从佛、道正统宗教衍生转化出来的新兴教派。佛教显、密二宗的分布，有其特殊环境，藏传佛教又有黄教、红教、本教的分别。回教原来仅有旧教，后来也从旧教中衍生了新教。除了佛教、道教、回教及其派生教派以外，还有天主教等外来宗教。但是，无论那一种名目的教派，几乎没有一个教派在开创时期就主张对抗当局，鼓吹叛乱的。相反地，绝大多数的教派都颂扬皇权。

    满洲入主中原后，为巩固政权，清朝中央政府开始制订文化政策，将崇儒重道定为基本国策。康熙年间，进一步具体列举十六款圣训，强调黜异端，以崇正学。雍正年间，御制《圣谕广训》，逐条阐述十六款圣训的要旨，重申黜邪崇正的原则，《圣谕广训》遂成为清朝文化政策的纲领，清代历朝君主对崇儒重道，黜邪崇正文化政策的执行，可诮不遗馀力，也因此而成为正统主义者，取缔异端，查禁邪教，护持正教，树立正统，就是清朝政府的宗教政策。探讨清朝的宗教政策，不可忽视清朝的文化政策，同样地，探讨清朝的文化政策，也不能忽视清朝的宗教政策。但所谓正统与异端，是相对而言的，佛教和道教初起时，未尝不是异端，但因相沿已久，信众很多，佛、道即由新起异端逐渐发展成为旧有的正信宗教，由佛、道世俗化衍生而来的民间秘密宗教则为新起异端邪教。藏传佛教中的黄教，与清朝统治者的接触，由来已久，彼此关系密切，清朝政府护持黄教，以黄教为正教，以红教、本教或奔布尔教为邪教。回教中有旧教和新教的分别，清朝政府护持旧教，以新教为邪教。至于天主教，对清朝政府而言，是外来新宗教，亦被视为异端邪教。清朝政府对白莲、闻香等新兴民间秘密宗教的查禁，雷厉风行。对红教、本教、奔布尔教的打压，也是丝毫不姑息。对回教的政策，则是用旧教而除新教。清朝政府迫害天主教传教士，大清律例针对天主教制订治罪条例。清朝政府对新兴教派或外来宗教固然严加取缔，但对佛、道正信宗教的接受，或对黄教的护持，也是有条件的。清朝政府相信佛、道本身也含有异端，因此，由朝廷给发僧道度牒，沙汰僧尼，以便稽查约束。打压红教，振兴黄教，是清朝政府怀柔西藏、蒙古的宗教政策，但清朝皇帝只为从宜从俗之计，并不曲庇谄敬喇嘛。相反地，对黄教也进行重大改革，颁布

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