首先，大灾引起的饥寒冻馁必然会导致易感人群的大量增加，从而也就大大增加瘟疫发生的可能性。上文已经谈到，在这次瘟疫之前大饥荒中，由于官府和社会力量的及时救济，当时并没有出现饿死人的现象，但普通民众的生活大都极为悲惨，营养的不良必然导致体质的严重下降，而正气不足，病邪就容易侵入。对此，时人在谈到瘟疫的原因时，大都会指出这一点。比如，震泽名医全锦，在行医过程中认为，“有闽家传染者，半因冻馁所致”，故“辄赠赀买米煮粥，即投药饵同煮，俾共啜之，多所全活”。针对二十年冬天在各地出现阴兵神灯现象，世人“或以为(疫乃)灯火之故”，而道光《分湖小识》的编纂者则指出：“然亦饥寒之所致也。” 

其次，外因方面，灾荒之年，“不但人之中气先弱也，良由所积之秽气特甚耳”。也就是说在兵荒之年，疫气较常年为甚。这主要有两个方面的原因，一是灾荒之年，寒暑雨失常，不正之气盛行，“凡疾风暴雨，酷暑严寒，四时不正之气，即为厉气，人若感之，便能为害”。所以认为，“大疫与常疫不同”，“是年之疫乃毒气深重之大疫，不可以常法据也。始无不自汗者，以手少阳三焦，是动则自汗出，气所生病也”。二是灾荒战乱会导致环境的破坏。对此，当时的一首纪事诗描述道： 

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