与藏传佛教不同的是清朝政府在新疆地区实行的是政教分离政策。

15世纪以后，由于伊斯兰教在新疆的迅速发展，宗教头目逐渐控制了世俗政权。在清政府统一新疆以前，作为伊斯兰教法规维护者的阿浑的社会地位居于世俗的伯克之上。阿浑，又称阿珲、阿訇。清政府统一新疆，大小和卓叛乱被平定以后，其后裔流亡浩罕，阿浑便成为伊斯兰教在新疆地区的集中代表，并拥有神圣的权力。阿浑常常制造事端，利用教徒聚会之际废杀伯克。乾隆说：“阿浑乃回人诵经识字者，与准噶尔喇嘛相似。从前厄鲁特等不知事体，听信喇嘛，致生变乱，岂可使回人仍因旧习。著传谕舒赫德等，晓示各城回人，嗣后诸事，唯听阿奇木等伯克办理，阿浑不得干预”[20]。清政府认为；必须及早削除阿浑在新疆社会的影响，如果阿浑势力膨胀，将会利用宗教危及清朝政府在新疆的统治。清朝政府统一新疆以后，支持世俗的伯克，令其署理维吾尔地区的各项民政事务，禁止宗教干预行政，实行了政教分离政策。这项政策在某种程度上抑制了宗教势力的发展，避免了宗教人员掌握世俗政权，滋生事端，对于社会的安定及清朝在新疆的统治是十分有利的。

第四，对边疆民族上层人士的笼络政策。

在中国古代历史上，各民族的统治者对各民族的劳动人民共同进行压迫、剥削，而各民族的统治者之间也存在民族间的互不信任、歧视、戒备、仇恨、冲突和斗争。这种存在于民族之间的民族对立、民族摩擦和民族矛盾在各民族统治者之间表现的尤其明显。18世纪，摆在清朝统治者面前的重要问题之一，就是要对边疆各民族的上层人士制定适宜的政策，充分利用他们熟悉本民族的历史特点和生活情况，在本民族中的威望和*号召力，以利于化解矛盾，减少摩擦，促进团结，维护清朝的统治。

在总结清朝

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