在统一的旗帜下向中央集权发展。裁兵、币制改革、财政改革，一步步收回各省的自治权限，终于引起地方势力的强烈反弹，南京政府与广西、山西地方势力的摩擦和战争，重演了民初中央集权与地方自治斗争的历史。后来南京政府在内忧外患下再也无力用武力实现中央集权，终于向地方势力妥协，维持着一个地方仍享有很大自主权的外表上统一的中央政府。紧接着发生了抗日战争，民族利益要求全国高度集中统一，联邦论更不相宜，联邦问题几至被人淡忘。直到第三次革命战争中期，当中国的命运进入决战阶段时，资产阶级中间势力在制造南北分治舆论的同时，重提联邦制问题。终因国民党大陆政权迅速崩溃，联邦论只成为微弱的回声。
从清末民初政治斗争的轨迹来看，政治家和地方军阀往往是在与中央作斗争时便举起地方自治的法宝，一但推翻中央政府后，便开始向中央集权发展，逐步压制地方自治的空间，直至取缔地方自治。
孙中山对联省自治的态度有过多次的变化，最终使他与多年的朋友陈炯明等人分道扬镰、势成水火。陈炯明是一个联省自治、废督裁兵的主要推动者，他认为，“古今万国不外中央集权与地方分权两种。大抵国小民寡，集权之制容或可行，否则无不用分权制者。美之合众，德之联邦，皆分权制。英之帝国，其属地如澳洲，加拿大等皆完全自治，实为分权之尤”。他认为中国广土众民，只能实行分权自治，才可养成“民治精神”，建设民主。
对孙陈两人的冲突，芝加哥大学教授杜赞奇在《拯救民族的历史》一书里说，1922年6月的孙陈决裂事件，是中国在20世纪初期追求现代化的过程中，两种不同的国家观念发展到最后的极端冲突，是中国近代史上一个关键性的转折点。这两种不同的观念，就是中央集权主义和联邦分权主义。
陈独秀曾参与过陈炯明的广东省自治政府，主管教育，后来反对联省自治。陈独秀在《对于现代中国政府问题之我见》一文中指出：“所谓联治，不过联省自治其名，联督割据其实，不啻明目张胆提倡武人割据，替武人割据的现状加上一层宪法保障。武人割据是中国唯一的乱源，建设在武人割据的欲望上面之联省论，与其说是解决时局，不如说是增长乱源。
纵观历史，从晚清到民国末年，联邦制在中国踯躅50年，有人说20世纪中国丧失的最大机遇之一，就是与联邦主义失之交臂。有关中央集权还是地方自治的争论，造成了辛亥革命后政局的动荡不安，中央集权和地方主义曾给中国人带来过无数困扰，而且我们还不能仅仅把它作为历史的往事，而应该看作国土辽阔的中国，在未来仍然需要面对的问题。
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