乾隆帝亲自处置了数起全国性的大教案，惩治了若干传教士和中国教徒。《清中前期西洋天主教在华活动档案史料》中的“寄谕湖北巡抚李绶湖南巡抚陆耀著督率地方文武随时访查天主教”， “寄谕湖广总督特成额等著查明各地天主堂”， “内阁奉上谕著孙士毅严拿天主教案内逃犯”， “寄谕湖广总督特成额陕西巡抚毕沅著严审焦秦等犯并严拿蔡伯多禄”， “寄谕山西巡抚农起著提集审讯李培元等犯”， “寄谕两广总督舒常等查办传教之西洋人”， “寄谕直隶山东山西等各省督抚著照例办理查缉天主教人犯”， “寄谕两广总督舒常等各省督抚著严拿禁止西洋人在内地传教”等文件，记录了乾隆帝处置教案的情况。

例如乾隆四十九年（1784年），有4名西方传教士由澳门进入广州，准备潜往内地，秘密传教。他们在中国教徒的护送下，由广州前往陕西，行至湖北襄阳时，被官府抓获。乾隆帝得知后，下令详细审讯被捕的传教士，将所有接送过传教士、为传教士送信、留传教士住宿的中国教徒一律逮捕究办，并在全国范围内查办私自入境的传教士和信教的中国人。这场教案涉及到全国十几个省份，共有18名外国传教士和数百名中国教徒被捕入狱。根据乾隆帝的旨令，清政府对这些教士教民分别作了不同的惩治。

对于外国传教士，清政府稽拿甚严。上谕：“西洋人潜赴内地传教惑众，最为人心风俗之害，自不可不按名查拿。”[24] 所有被捕的外国传教士都被押送北京，由军机大臣会同刑部严审。在审讯中，清政府最重视的是传教士的*目的。正如乾隆帝所说：“西洋人既要传教，亦当在广东附近之广西、福建、湖南、江西等省份，何必远赴陕西？此皆关系案内紧要情节，必须彻底根究。”[25] 他怀疑“西洋人与回人本属一教，今年甘省逆回滋事，而西洋人前往陕西传教者又适逢其会。且陕甘两省民回杂处，恐不无勾结煽惑情事。”[26]

对于中国籍神父，乾隆帝认为：“内地民人有称神甫者，即与受其官职无异。本应重治其罪，姑念愚民被惑，且利其财物资助，审明后应拟发往伊犁，给厄鲁特为奴。该犯等曾受番银者，其原籍家产，并应查抄入官。”[27]

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