光绪十二年（1886年）三月，清政府再次谕示：“闽台防务关系紧要，该督等商办一切，务当和衷共济，不分畛域，力顾大局。上年谕令该督等会议台湾改设各事宜，并着一并妥速议奏，毋稍迟延”[xi]。此后，刘铭传、杨昌浚两度会商台湾建省事宜，取得了一致意见。六月，刘铭传上奏《遵议台湾建省事宜折》，对台湾建省规划提出了较为完整的方案，经过清政府批准后，便成了台湾建省的主要依据。

光绪十三年（1887年），台湾巡抚衙门在台北设立。九月，台湾布政使上任。十月，旗后、沪尾两海关正式由台湾接管，奉调、委署、代理台湾各官吏的人事权也在此前后移交台湾巡抚办理。光绪十四年（1888年）正月，刘铭传接受了“福建台湾巡抚关防”[xii]。钱粮兵饷也从这一年起开始由台湾藩司自行征收支给，台湾省的人权、财权陆续确立。这一切表明，从光绪十一年开始酝酿台湾建省，经过近四年时间，到光绪十四年止，台湾建省工作终于完成。

台湾建省后，巡抚称福建台湾巡抚。司道以下各官，考核大计，闽省由总督主政，台湾由巡抚主政，照旧会衔。巡抚一切赏罚权，由巡抚自主。原台湾镇总兵销去“挂印”字样，与新调澎湖镇总兵一起，统归巡抚节制。旧有一标左右两营，移归台湾。添设藩司1员，综核钱粮兵马，整顿厅县各官。设布库大使1员，兼经历事。巡抚衙门内，设经制书吏6人，其下有清书、帮书若干名，办理具体事务。旗后、沪尾两海关，改归台湾巡抚监督。

台湾建省后，郡县建置也作了相应的调整。山前方面，彰化桥孜图地方，是全台适中之地，且山环水复，中开平原，气象宏开，便作为省城所在地。彰化东北境，设首府曰台湾府，附

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