在中国，书院最糟糕的经历应该起始于上世纪初，1901年，光绪帝下诏，改书院为西学堂，自此，书院才开始销声匿迹。随后，随着五四运动的开始，书院被完全抛弃。甲午战争之后，以前被国人看不起的日本大胜，这使得国人免不了开始反省，于是，当时派出许多人带着“日本人为什么可以打败我们”的问题到日本学习。最终，他们得到的答案是因为他们学习了西方。此后，西学之势便迅速刮遍了大江南北，占了上风，而科举制度和书院一时间则成为了拖累中国、使我们被动挨打的废旧文化。

　　有关书院寥落的背景，朱汉民的分析最为简短直接：晚清中国文化在与西学的对抗中逐步败退，当时人们想学习西学，于是开始有学堂，比如船政学堂。晚清那时就已经出现了两套教育制度，传统书院和现代学堂，但还是以传统为主。1901年，光绪所下的有关改书院建学堂的诏令没多久就夭折了，不过后来慈禧的新政，在教育和工业方面甚至比光绪走得还要更过头一点，完全废除了书院和科举，建学堂，实行西方的分科制度并且分成了文理工。不仅是学制，所有的东西，都要学习西方，好像传统丢得越彻底越好。

　　可事实证明，如此改革并不是一条走得通的光明大道。其实早在五四之后，有一批人就已经意识到了问题的严重性，像蔡元培、胡适、毛泽东等人，都开始认识到废除书院的做法是过激行为。早在上世纪20年代，胡适就曾写文章，对抛弃书院的精神表示惋惜，强调书院的独立，还可以自由议政，号召研究书院，他一直认为书院在教育中被排除是一大损失。对于这些人而言，书院有着不可替代的魅力，当然，这魅力对于每个人而言也并不相同。

　　比如毛泽东就更看重书院的课程简单，师生关系融洽。其恩师杨昌济就是岳麓书院的代表人物，青年毛泽东曾跟随杨昌济寓居岳麓书院很长时间。他认为西化教育不仅课程繁琐，而且师生关系冷漠，变成一种买卖关系，学生出钱，学校教授知识，最后拿取文凭。所以，1921年，毛泽东才会创办湖南自修大学，并在成立宣言中明确说明，要取书院之长，去学堂之短。而钱穆则更看重书院的文化传承作用。上世纪50年代初，钱穆选择在香港创办新亚书院，之所以把地点定于香港而非台湾或大陆，正是因为他深知那里是殖民地，更需要提携传统文化。

　　早年间，季羡林先生在岳麓书院主编的《书院辞典》序言中曾感叹道：中国教育以前是官学和书院两条腿走路，现在只剩下一条腿了。如今，经过一个世纪的轮回，这已经被废弃多年的另一条腿终于又开始踏上征程，并且是以全新的面貌。朱汉民就曾在采访中强调过：“如今的书院就是要把私学的自由讲学和官学的制度化管理结合起来。”