在此期间，朱希祖还运用西方史学的分期方法，将中国断代史课程分为上古、中古、近古、近世4期，并且解释说：“盖史学以时代相次，乃能明其原因结果，此乃应用科学方法整理史学者。”[54]这就基本扬弃了中国传统史学以朝代为断代标准的分期方法，使之更加科学。

其次，在历史研究的系统性方面，朱希祖更是不遗余力地身体力行，并由此获得了章太炎“逖先博览，能知条理”[55](p317)的赞赏，其弟子傅振伦也评价：“先师研究史学，最重科学方法。所谓科学方法者，即治学有条理系统，而迹象能求其真，进而明其因果关系也。先师于此，实力行之。”[56]

具体说来，朱希祖继承了章太炎提出的“以发明社会政治进化衰微之原理为主”的史学思想，他并且进一步号召：“治史以搜集材料，考订事实为始基；以探索历史哲学，指挥人事为归宿。此史学之主体大用也”[27]，“博学深思，经纬万有，著书立说，指导人类，蔚为史学正宗”[50]，这无疑将历史学的任务提升至一个前所未有的高度。在《中国史学概论》讲义中，他还分别从史学的起源与派别两方面检讨中国传统史学的得失，认为中国传统史学虽然在记述方面积累了相当丰富的成果，但由于缺乏系统的哲学指导，所以在“推理主义”方面的进展一直未能有所突破，因此必须加强史学研究的系统性，使它与其它社会科学一样，努力探索历史发展的普遍法则。

总之，无论是在引入西方近代科学还是强调历史研究的系统性方面，朱希祖都继承了章太炎史学思想中的有关论述，进一步有力推动了中国近代史学的科学化。通过他的一系列课程改革，北大史学系终于摆脱了过去“文史不分”的窘境，跻身于社会科学学科的行列，“和经济、政治、法律三系的联系最为密切。在北大十八系中，史学是和这三种学科并列为一组的”[29](p173)。而这一举措在中国史学界也造成了重大影响，“此种制度实施以后，国内公私大学史科，纷纷仿效。于是中国史学，乃得跻于科学之列，始渐有以史学名于世者”[56]。

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