颇多差异。如二书景定二年正月癸亥朔条同载治理贪赃的诏书，《全文》所载诏书内容为：“朕于赃吏无所贷，以其惟威惟虐，大为吾民仇。民，吾赤子，而仇之，是与寇贼奸宄同科，而何以为天子之命吏。古人喻贪以狼以硕鼠，目以物类之恶者，盖不得复言人矣。惟彼贪夫，憯莫之惩，侵牟矫虔，罔知厌极。朕夙兴夜寐，忧苦万民，封培本根，每惧弗蔇。郡国之吏乃淫纵其欲，以蠧厥生。间闻田里凄然，人情恻怛，甚至自愧。朕惟民生寡遂，由于贪官之肆诛求；贪官充斤，由于监司之不按察。率以外台耳目，不当蔽塞失察之罪。兹当岁首，咸与维新。”另载“上曰：‘我朝以仁厚立国，圣圣相承，惟以爱养元元培植根本为第一义。今中外之吏，贪黩成风，甚失祖宗初意。’”（卷三六）《本纪》所载诏书内容却为：“监司率半岁具劾去赃吏之数来上，视多寡为殿最，行赏罚。守臣助监司所不及，以一岁为殿最，定赏罚。本路、州无所劾，而台谏论列，则监司守臣皆以殿定罚。有治状廉声者，摭实以闻。”（《宋史》卷四五）二书所载要点虽都是反贪，但具体内容却少有相同之处，除文字繁简相差较大外，一是重在说理，一是重在实施办法。这甚至使人怀疑二书此事记述的材料来源可能也是不同的。
如果《全文》是《本纪》的初稿，类似情况就令人难以理解。在通常的情况下，修改者对于底稿中可改可不改的内容，多采取保留的处置办法，上述情况表明，《全文》不大像《本纪》的初稿，当然，由于找不到直接记载，这里只能是推论。
二、《全文》明显优于《宋史》等书的几个方面
讲《全文》具有特殊的史料价值，首先是因为《宋会要辑稿》、《文献通考》等全无宋理宗在位时期的情况记载。而将此部分《全文》同记述此时期历史的其他史书（包括《宋史》、《宋季三朝政要》、《钱塘遗事》等）进行比读，感到《全文》有几方面的记载比《宋史》、《宋季三朝政要》等书明显更优。
1.《全文》保留了较多的历史文献及其原始风貌
如前所述，《全文》保留了比《本纪》更多的诏敕、御笔和其他一些历史文献。有些诏敕等《全文》与《宋史》等同有载录，但《宋史》的《本纪》依照修《本纪》应简练的原则，文字被大大简化，而在《宋史》的其他部分又没有载录这些诏敕的详细内容，这使得《全文》所载录的这些诏敕文字更凸显出其珍贵，当《宋史》对诏敕删简失当时，其史料价值就更为突出。例如，《全文》卷三四载：
[淳祐十一年]十二月丙辰朔，辅臣谢方叔等谢新命，上降御笔曰：“朕观比年以来，朝纲浸弛，时事日乖，所以并命二相，夹辅王室。正赖开明公道，振起治功，肃纪纲以尊朝廷，用正人以强国势，通楮币以纾邦计，却哨骑以固边陲，清吏道使无贪黩之风，淑士类使无嚣浮之习，军马当足则饬戒阃帅以去虚挂之籍，人心当结则嘉予守令以行宽恤之恩。此皆今日切要之务。昨来并命，往往各分朋党，互持己见，交相摆阖，阴肆倾排，是以猜忌成风，众弊胶轕。今朕用搢绅之公言，从中外之人望，登庸硕辅，参运化权，继自今勿牵人情，勿徇私意，以玄龄、如晦为法，以赵鼎、张浚为戒，务为正大之规，以副倚毗之意。”上又曰：“自来并命二相，本欲协济，缘各任己见，且因宾客交斗，遂成党与，不可不戒。卿等宜同心辅政，深矫前人之失。”
《宋史》卷四三《理宗纪》于同年月仅载：
戊辰，诏以八事训饬在廷，曰：“肃纪纲、用正人、救楮币、固边陲、清吏道、淑士气、定军制、结人心。
显然，《全文》的记载要比《本纪》详细得多，不但提供了降御笔的背景资料，而且引录的御笔文字比《本纪》要完整得多。而《宋史》除《本纪》外，其他处又找不到关于此事的记载，所以，当我们想了解谢方叔入相之初的情况时，《全文》的上引记载就显得十分重要。
又例如，《全文》卷三六载有关于处置所谓吴潜、丁大全党人的“御笔”和诏书各一（原文过长，不便引录），从御笔中可知：吴潜的遭遇同宋理宗有直接关系，因为御笔是直接出自宋理宗的，这份御笔详列了吴潜的“罪状”。以往人们从《宋史》中得出一种认识，即吴潜
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