不说与胡适这种中西合璧的方法论倡导有着直接的关系。譬如，陈垣的《元典章校补释例》以“土法”总结了考据学中校勘一门的方法，胡适在为该书作的序中讲道，书中所论“是中国与西洋校勘学者共同遵守的方法”，称赞陈书是使中国校勘学“第一次走上科学的路”⑽。经过胡适的阐发，《元典章校补释例》的学术价值便凸现出来，而胡适的“科学方法”也得到了明确的体现。
其次，结合达尔文和斯宾塞的历史进化论的观念，注重使用“历史的眼光”、“历史的态度”、“历史演进的方法”对研究对象进行考察，目的在于“各还它一个本来面目”。
这种研究方法始于胡适对“井田制”、《水浒传》的具体研究。他对于当时有人根据《孟子》而讲中国古代的井田制提出了疑问，认为《孟子》之前的书都没有提到过井田制，《孟子》之后的书，如《春秋》、《公羊传》、《谷梁传》、《王制》、《周礼》等，却把井田制讲得很具体，说明孟子所讲的井田制就是传说加想象，后人再据《孟子》进一步加入自己的想象，造成了仿佛于历史真实无异的假象。作于1920年的《（水浒传）考证》则揭示了《水浒传》的故事内容是经过了传说、杂剧、各种传本等不同形式的长时间的演变过程，到明代才最后成书。
胡适据此认定，“其实古史上的故事，没有一件不曾经过这样的演进，也没有一件不可用这个历史演进的（evolutionary）方法去研究”。他指出，古史上的故事，最初只有一个简单的故事作个中心的“母题”（motif），你添一枝，他添一叶，这个故事便一天天的改变面目。要了解故事的真相，就必须像剥竹笋一样，一层一层剥下后人的附会，直到触及中心，还其“本来面目”。在《古史讨论的读后感》一文中，胡适总结道：“（1）把每一件史事的种种传说，依先后出来的次序排列出来；（2）研究这件史事在每一个时代有什么样子的传说;（3）研究这件史事的渐渐演进，由简单变为复杂，由陋野变为雅驯，由地方的（局部的）变为全国的，由神变为人，由神话变为史事，由寓言变为事实;(4）遇可能时，解释每一次演变的原因。”⑾由此可见，胡适是把进化论的观念揉进了“历史演进的方法”之中，在研究具体问题的时候加以运用和归纳概括，进而在学术界产生影响。其最明显的结果就是顾颉刚受到启发，提出了他著名的“层累地造成的中国古史”说。
再次，存疑的方法。胡适自称赫胥黎和杜威是对他影响最大的两个人，其中赫胥黎教给他怎样怀疑，教给他不信任一切没有证据的东西。他强调，赫胥黎的存疑主义是一种思想方法，他的要点在于重证据。对于一切迷信，一切传统，他只有一个作战的武器，是“拿证据”来。存疑的方法与他的“大胆的假设，小心的求证”、与他的“重新评估一切价值”都有着密切的联系。在史学研究上，存疑的方法既促进了历史考证学的发展，又为打破充满着神话与杜撰的古史体系提供了理论依据。
三、整理国故与史学研究
自20年代以来，胡适所着力倡导的“科学方法”是随着“整理国故”口号的提出而广泛传播的。顾颉刚曾经说：“整理国故的呼声倡始于太炎先生，而上轨道的进行则发轫于适之先生的具体的计划。⑿”1919年8月，胡适写了《论国故学——答毛子水》，文中首先强调要用“为真理而求真理”的标准去批评各家学术，要抛开“有用无用”的成见和“狭义的功利观念”，继而提出“现在整理国故的必要，实在很多，我们应当尽力指导‘国故家’用科学的研究法去做国故的研究”。他甚至说，“发明一个字的古义，与发现一颗恒星，都是一大功绩。⒀
同年11月，胡适在《新青年》上发表了《新思潮的意义》一文，把新思潮概括为“研究问题、输入学理、整理国故、再造文明”。“整理就是从乱七八糟里面寻出一个条理脉络来，从无头无脑里面寻出一个前因后果来，从胡说谬解里面寻出一个真意义来，从武断迷信里面寻出一个真价值来”。很显然，胡适已经把“整理国故”放到了新文化运动发展的过程中加以考虑和阐释。研究问题是指研究各种具体而实际的问题；输入学理是指输入国外的新理论、新观念和新学说，引入西方的思想和方法；整理国故是指对以往一切历史文化进行重新整理；其结果便是“再造文明”。1920年7月，胡适在南京东南大学的讲演《研究国故的方法》，对“整理国故”又作了进一步的发展。他提出了四点：历史的观念、疑古的态度、系统的研究和系统的整理。
不久，胡适开始意识到这项工作的份量，远非想象的那样简单。他在1922年9月1月的日记中写道；“从前我们以为整理旧书的事，可以让第二、三流学者去做。至今我们晓得这话错
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