16世纪从德意志爆发的宗教改革运动也是在瘟疫的阴影下酝酿的。16世纪初德意志瘟疫横行，当时的许多画幅描绘了死亡瘟神到处横行，降临到每个人面前的形象。天主教会却在出售赎罪券敛财，这是激起民众普遍愤慨的重要原因之一。疫病的流行也使医生的地位较以前更被重视，而医生是当时主要掌握自然科学知识的人。哥白尼、帕拉赛尔苏斯、塞尔维特、诺查丹玛斯等人最初都是以行医而知名的，尤其是他们研究和医治过瘟疫。他们的名声也使他们的科学思想得到发表和传播。陈旧的医治观念与巫术虽盛行一时，但终因无效而逐渐被较为科学的医疗方法取代。人们开始接受疏散、隔离、洗手，注意饮食卫生、干净的饮水、新鲜流通的空气等生活方式和观念，一些地方和国家当局对于防治瘟疫是否关心和采取有效措施，是16世纪各种改革者和革命者提倡的“公共福利”理想，是对统治者进行评判的一个主要方面。

    瘟疫在欧洲人的地理大发现和殖民侵略中起到了更可怕的作用，法国史学家拉杜里称之为“疾病带来的全球一体化”。哥伦布“发现新大陆”和随之而来的西班牙、葡萄牙殖民者入侵美洲，他们带来的疫病成为美洲本地人最大的杀手。美洲本地人在孤立的状态下，对外来的疾病毫无抵抗力，人口的绝大多数在西方殖民者入侵后100年中陆续死亡。农业发达的墨西哥死亡人口达90％，秘鲁达70％以上，加勒比海地区本地人则完全灭绝，这就为欧洲人征服美洲并大量殖民提供了条件，但也造成了劳动力短缺的问题。在此之前，欧洲殖民者已在西非洲海岸建立了据点，但却由于无法抵御热带疾病不能深入内陆，于是就想出来贩运非洲黑人到美洲当奴隶的办法，上千万非洲黑人被运往美洲，特别是运到加勒比海地区、巴西等美洲本地人灭绝殆尽的地方。当然，美洲也将梅毒等疫病传到欧洲，最初它是一种很快致人死命的病症，后来才衰减为一种慢性性病，梅毒的出现对欧洲近代性伦理及生活方式也有很大影响。此后，欧洲殖民者对澳洲和大洋洲的入侵，也使当地居民的大多数因其带来的疫病而死亡。而与此同时，欧洲殖民者对亚洲的入侵，则因为“亚欧大陆生存圈”的交往已有数千年历史，没有造成大的疫病，欧洲人将亚洲殖民化的企图终未成功。欧洲殖民者在全世界的侵略扩张也带来了疾病的全球一体化，它影响到了今天世界人口的分布和“西方人”在其中的优势地位。当然这其中一个决定因素是“西方社会”首先掌握了现代科学技术，并在较大范围内提高了人们的生活质量。

    在世界历史上几个重大转折的关系上，瘟疫都扮演了一个重要角色是有着多方面原因的。如人口的大规模聚集和流动，国家社会活动范围由于领土扩张、征战、商贸而扩大，战争、饥荒使人口抗病力普遍下降，社会的衰败使国家或社会管理体制僵化无能，人心涣散，旧有的文化与知识传统(包括巫术、迷信和错误的防治方式)不但无法应付疫病反而造成了负面效果等，而瘟疫的大流行的冲击又往往大大加强了以上诸因素造成的危机。历史上的人类社会若要生存下去，只有求变以应对重大危机的挑战，如通过民族的融合

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