卫所与地方史的研究，体现出明显的区域不平衡性。从时间和空间上说，辽东地区最早受到人们的关注，其次西北，其次西南，其次沿海，对于内地卫所的研究则关注较晚。这主要是因为沿边卫所往往是“实土”卫所，它们在职能上也与明显的地域特征紧密相关，这些因素使研究主体易于把握；而内地卫所与府县相错，其管理方式与沿边卫所有又有相当差异，在其发展过程中体现出更为复杂的军民关系，这不仅在制度建设上、社会实践上，乃至在史料流传上都显得极为复杂，给研究带来了更大的难度。从研究的侧重点和研究成果上来说，对于东北和西北地区的卫所研究，边防形势变迁与民族关系变化是两个主要的方面；而西南地区则主要体现在边疆开发和民族关系上；对于内地的研究主要揭示了明代卫所制度变迁的社会复杂性，而这方面的研究却显得明显不足，还有待于更多学者的充分关注。另外，在卫所的地理研究中，区域性的研究取得了引人注目的成果，而全国性的综合研究却成果不多，只有少量的论著发表。一方面，学术研究中的不平衡性发展是极其自然的事情，另一方面，了解这种不平衡性也可以为研究的继续深入和研究重点的转移提供借鉴。比如，在卫所的地理研究方面，以都司为单位的沿革研究在西南、沿海和内地都显得不足；在西南和西北地区，把清前期特别是雍正时期大量裁并卫所、设置州县与这一时期该地区的改土归流结合起来研究二者关系的专门文章似乎并不曾见，往往只是一种概括性的叙述，缺乏深入到二者关系的实证成果。

把卫所制度与地方史结合起来进行研究，正如郭红所说，“作为一个源自他乡的人口众多的军事移民群体，卫所与地方的关系是综合的、互动的，尤其在实土、准实土卫所的地区表现更为突出，因此，这一课题具有延伸性，奠定了明代人口与地方文化相关研究的坚实基础”[1]。其实，由于中国疆土广阔，东北、西北、西南、沿海以及内地的地理特征、经济文化发展水平、人口与民族分布、地方管理与国家控御的特点都各不相同，因此各地区在都司卫所的设置、管理、变化趋势及其地方影响等方面都也往往因地而异，在区域研究中充分关注明代卫所，从历史地理、经济文化、社会变迁等多视角对它进行探讨将拥有十分广阔的空间。

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