藏经洞写卷文书与大量的佛画在经过王道士最初的四处奉送、巴结官府人物、及卖出了一些之后，又分别于1907年、1908年经斯坦因、伯希和的劫掠，至此，大半与精华已经流散国外，那么所剩下的部分的命运又是如何呢？
1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》，《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示给北京的中国学者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。伯希和首先到了南京，会见了即将调任直隶总督兼北洋大臣的两江总督端方，正是由于他与当时的要员端方的关系，因此到了北京后受到了当时京师一批硕学鸿儒的盛情招待。当时在北京的许多著名学者如罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康等前住抄录敦煌文献，参观者络绎不绝。1909年9月4日在北京的六国饭店，在京的学界名人几乎全都参加了这次招待伯希和的盛大的宴会。会上年少气盛、得意过分的伯希和，坦言说出这些宝物的由来，致使罗振玉等人如梦惊醒，受到极大震动。谁也不可能想到，那万里之外的蛮荒大漠会有如此巨大的考古发现，并且已经多半被这些穿越西域而来的西方探险家们弄走了。这次活动惊动了中国学人，也是中国国内第一次大范围的对敦煌石室藏经的了解，更是中国人第一次为国内发现如此重要和珍贵的东西被劫掠国外而震惊，尤其使得一批有良知的文化界人士开始考虑挽救国宝的问题。
1909年中秋节，罗振玉首次访问伯希和于苏州胡同，随即得知敦煌石室还有大量写经卷本，至少还有六朝和唐宗写本数千件，便急不可待地报告给学部，请学部发电报给陕甘总督毛实君，托他将劫余敦煌卷子购送学部，并亲自拟好了电文上呈学部。学者的大义具有一种感人的力量。他终于说服了学部左丞乔树楠，并由他代写电文，命令陕甘都督毛实君即刻封存莫高窟藏经洞内剩余的古物，严禁外国人购买。学部还拨款库银3000两，交给敦煌县令陈藩尽量收集失散的经卷文物。转年，由新疆巡抚何彦升负责，把封存在藏经洞内的文献古物全部解送到北京。罗振玉是敦煌遗书碰到的第一位恩人，但这并不意味着它的厄运已经结束。
押送进京的任务交给了新疆巡抚何彦升押运，押解差官是江西人傅某，前来押运的清朝官吏很不用心，并没有把藏经洞文献收拾干净，而且沿途又遗失了不少。袋装的敦煌遗书被搬了出来。带着厚厚尘土扔在大车上。连木箱也没有，只用草席捆扎遮盖，有力的大手把堆满车上的文献刹紧。
王道士瘦小的身影呆在一旁，看上去不知所措。其实王道士好像早就料到这一点，在官府清点之前，他早把一些比较好的写本转移收藏起来。就在这些卷子被封存在藏经洞那段时间里，他早做过手脚，把许多珍贵的写本都盗取出来了。这两个被他称做“转经桶”的大木桶，就是他巧妙藏匿写本的地方。后来，英国人斯坦因再一次从王道士手里买到了大量写本。还有一部分在1911～1912年间被日本大谷探险队的吉川小一郎和橘瑞超买走，总数也有数百卷。大谷探险队
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