藏品的目录，但所藏文书内容不得而知。二次大战后，苏联科学院邀请了我国学者郑振铎帮助对所藏文物进行整理编目，出版了两卷目录性质的书籍，但这也只不到其藏品的三分之一，而其多数又为敦煌文书。日本盗掘的吐鲁番文书，现在分藏于日本（东京国立博物馆、京都的龙谷大学等）、中国（大连旅顺博物馆、上海博物馆等）和韩国国立中央博物馆等地，并分别出版了《西域考古图谱》（1915年日本）、《新西域记》（1937年日本）、《西域文化研究》（1958-1963年日本）、《中国古代籍帐研究》（1979年日本）、《大谷文书》（1-3卷，1984-2003年日本）、《朝鲜总督府博物馆藏大谷光瑞氏搜集西域遗物写真集》（1930年韩国）、《中央亚细亚美术》（1986年韩国）、《旅顺博物馆藏西域文书研究》（2007年中国）等。这一时期，中国学者虽然在清末和民国时代也有过搜集和发掘吐鲁番文物的事情，如王树枏的《新疆访古录》（1911年），罗振玉的《西域石刻录、后录》（1914年）和《高昌砖录》（1933年），黄文弼的《高昌砖集》（1931年）、《高昌陶集》（1934年）和《吐鲁番考古记》（1954年）等，但其中除了黄文弼为有组织的考古发掘外，其他均为乡人滥挖或散见整理。
由此可知，吐鲁番学研究就像当年“敦煌在中国，敦煌学在日本”的状况一样，也是处于墙内开花墙外结果的状态。在这一历史进程中，中国学者虽然也有一些零星研究，但更多关注的是敦煌文书，吐鲁番文书还没有引起更多的关注。
中华人民共和国成立后，吐鲁番学的命运开始发生转变。
1959年开始，因配合农业水利建设，由新疆地区的学者为主组成的专业考古发掘在高昌古城附近的阿斯塔那、哈拉和卓古墓葬群开始展开。直至1975年，前后共进行了十三次发掘，共清理了456座古代墓葬，其中有203座墓葬出土了古代文书。与敦煌文书时代多为唐后期至五代宋初的情况不同，吐鲁番文书时代上多为中唐以前，甚至早到前凉时期。这203座古墓葬共出土的各式官私文书近万片，也基本上属于十六国至唐代的。我国政府十分重视这一系列考古发现，在1976年特地成立了以唐长孺教授为首的“吐鲁番文书整理小组”，前后集中了来自全国各地的专家学者近二十人，对这批文书进行了系统整理，最后编辑出版了《吐鲁番出土文书》（文物
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