福州城内的水路畅通后，配合着东、西二市的发展，码头、港口应运而生。福建省文史馆馆长卢美松说，虽然目前还没有更多的考古实物出土证明这一点，但可以从典籍上找根据，已经能确定两处宋代的码头。

一处位于现在农林大学背后的怀安村，这里是乌龙江与闽江的交界处，当时可以容纳上千只船舶停靠。当时南来北往的茶叶、中药材等货物都会在这里下船，或是通过陆路送往城内，或是转运出海。因为商贸繁荣，还特地在这里设立了怀安县衙署。

还有一处是现在的新港，据《三山志》记载，北宋起新港境内河口，就已成为福州内河的一个港口，并有造船的历史。南宋绍兴四年(1134年)时，“凡百货舟载此入焉”，意思是载着货物的大船都在这里往来。因为商贸繁荣，官府还在此设“临河务”(相当于“市舶司[注: 中国唐宋时期海上交通路线简图中国市舶司制度始于唐代，终止于明代。市舶司是中国古代对海运进出境的专职管理机构。中国对外贸易的发展是从汉代开始的，但这时的贸易是以陆地为主。]”)。

设有水门可直接坐船出城

除了城内通航便利外，出福州城直接坐船也很方便。据考证，宋代福州城内还有至少2座水门，可以容许船只进出。

郑国珍说，在王审知[注: 王审知（862-925年），字信通，号祥乡。唐僖宗光启元年（885年），黄巢义军王绪占光州，王审知与兄王潮.王 王审知审邽带固始五千乡民从义军入闽。]修建罗城时代，就设立了两座水门，从现在的考古发现看，安泰河边的金斗门很可能就是水门。城门立于河道中，可容许船只通过。

到了宋代，水部门很可能也是一座水门。水部门又名水涉门，靠近“临河务”，直通出城归入闽江。根据一张晚清时期的明信片显示，当时这里仍能容纳船只通过，由此推断，宋代时水部门是福州城重要的水路出城口。