放女禁。那时有一个勇敢的女生王兰向蔡先生请求入学，蔡元培就让她到北大当了旁听生。这件事当时轰动了全北大、全北京。此后招生时，就允许女生和男生一样地应考了。蔡元培曾谈道：“有人问我：‘兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？’我说：‘教育部的大学令，并没有专收男生的规定；从前女生不来要求，所以没有女生；现在女生来要求，而程度又够得上，大学就没有拒绝的理。’这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。”
改革的航船，并非一帆风顺。在那个时代，新的教育理念的施行遇阻甚多。为捍卫“思想自由，兼容并包”的办学思想，蔡元培也多次应战。据顾颉刚的《蔡元培先生与五四运动》回忆，在五四运动前夕，蔡元培和林琴南曾经发生过一次有名的公开辩论，轰动了全国。林写信给蔡，攻击蔡主办北京大学以来“覆孔孟，铲伦常”，“尽废古书，引用土语为文学”。蔡元培于1919年3月18日写了一封公开信答复林琴南：“对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义。无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。对于教员，以学诣为主。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之……夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”
蔡元培致林琴南的公开信，通篇平实深沉，入情入理，不亢不卑，很理性地阐述了自己“思想自由，兼容并包”的办学思想，且行文彬彬有礼，立论有据，令对手无法不折服。
学术上的争论则更多。蔡元培均能很好地处理各方的关系，连最顽固的、拖着一条长辫的教授辜鸿铭也对蔡校长深为钦佩。尤其难能可贵的是，蔡元培自己也身体力行“思想自由，兼容并包”的方针，以身垂范，雅量
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